不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是真核生物的主要演化支之一，包括大量的藻类，从多细胞的大型海草到单细胞的各种浮游硅藻，这些藻类拥有叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌门，如爱尔兰大饥荒及近日的栎属猝死病，都是由卵菌纲生物引起的。不等鞭毛这一名称源于其生命周期的能动阶段，须苔属细胞具有两种不同形状的鞭毛。

不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是真核生物的主线，已知的下辖物种超过10万个品种，当中大多数属于单细胞的硅藻。大至多细胞的大型海草，小至单细胞的各种浮游硅藻。这些藻类拥有叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌门，是不少植物性瘟疫的元凶，如爱尔兰大饥荒及近日的橡树突然死亡，都是由卵菌纲生物引起的。

一、有色类 (藻类生物)

1、Actihrysophyceae (axodines)

2、硅藻纲（Bacillariophyceae）

3、Bolidophyceae

4、金藻（Chrysophyceae）

5、大眼藻纲(Eustigmatophyceae)

6、Pelagophyceae

7、褐藻纲（Phaeophyceae）

8、Phaeothamniophyceae

9、绿胞藻纲(Raphidophyte或Chloromonadophyceae)

10、Synurophyceae

11、黄绿藻纲（黄藻）

二、无色类 (真菌类生物)

1、Bicosoecea

2、丝壶菌纲(Hyphochytridiomycetes)

3、Labyrinthulomycetes (slime nets)

4、卵菌门(Oomycetes)

5、Opalinea

6、Proteromonadea

7、芽囊原虫属（Blastocystis）