南京市戏曲学校成立于1958年7月，同年9月1日正式开学。学校最初设有京剧、越剧、扬剧三个班级。

南京市文化局局长董昌达担任学校的首任校长，李碧莹及京剧老艺人苗胜春出任副校长。京剧班共有学员45人，由孙瑶芳（小生）、张九奎（老生）、王多寿（丑）以及赵鸣慧（花旦）等为主要授课老师，新艳秋也曾在此任教。越剧班拥有30名学生，教学团队包括梅月楼（花旦）、黄笑笑（丑），同时竺水招、商芳臣也曾在校兼职授课。扬剧班则有28名学员，他们的教育不仅限于本校，还参与了江苏省戏剧学校扬剧短训班的部分课程。

1959年元旦，南京市戏曲学校的三个班级共同上演了多个剧目，其中包括京剧《武家坡》和《黄鹤楼》，扬剧《鸿雁传书》，以及越剧《盘夫》。这些演出展示了学生们的学习成果。

1960年，学校搬迁至峨嵋路。由于师资和资金的问题，扬剧班被并入江苏省戏曲学校；越剧班的女性学员转入南京市越剧团，男性学员则分配到了南京市下属的县剧团。少数人员转投京剧班。京剧班继续运营，并更名为南京市京剧学馆。然而，1970年，随着学校的撤销，它最终转变为南京市京剧团。在这期间，越剧班的一些毕业生如袁小云等人成为了优秀的表演艺术家。