1960年10月1日，以福州市人民武装部为基础，并抽调福建省军区直属队及守备第7、第13师部分人员，组建福州军分区，隶属于福建省军区。司令员宁正和，政治委员
张传栋(市委书记兼)，第二政治委员贺梦先(1961年4月任职)，机关编制90人。1967年10月，根据“
三支两军”任务的需要，省军区机关抽调部分人员临时组建福州警备区。1968年10月，将福州军分区撤销，合并到福州警备区内。1983年1月，福州警备区改称福州军分区。
1961年9月，福州军分区辖
福州市所属的
仓山区、
台江区、鼓楼、
马尾港、
鼓山十八景、新店、盖山等7个区
人民武装部。以后几经调整，至1986年6月30日改归地方建制时，市区共有鼓楼、台江、仓山、郊区、
马尾镇等5个区人民武装部。1962年1月，
罗源县、
连江县人民武装部划归福州军分区建制；1963年9月又划归闽侯军分区。1973年9月，
闽侯县人民武装部划归福州警备区建制。1983年
长乐区、福清、
平潭县、
闽清县、
永泰县(6月1日起)、罗源、连江(7月1日起)等7个县人民武装部划归福州军分区建制。改归地方建制时，共辖8个县
人民武装部。1965年9月至1968年10月期间，曾辖
福州市工交、财贸、文教系统人民武装部。