圣恩禅寺始建于
明朝正统三年，即公元1438年。在至今约600年的沧桑岁月中，寺院几经兴废。如今崔村香堂七、八十岁的老人都见过的“圣恩禅寺”，即是
清代时重新恢复的。可惜它被一把大火毁弃。让现在的人无法再感受晨钟暮鼓带给我们的清净。
据《钦定日下旧闻》及《光绪顺天府志》等史书记载:“圣恩禅寺始建于正统三年十月，四年十一落成。赐额圣恩禅寺，翰林院
编修刘升撰碑记。
中书舍人赵昂书。其地在
昌平崔村北宝峰下，四山环寺，东至大独山，南至南阿坡，西至钓鱼坡，北至将军陀。龙象庄严，钟呗清朗，一邑中胜概也
复建的“圣恩禅寺”，由
中国佛教协会副会长，
中国书法家协会副主席
刘炳森先生题写寺名。其建筑风格以明代、
清代的建筑形式为基础；按《清工做法》的规则精心设计施工而成。建筑物的做法结合南方派的精巧建筑加之北方的雄浑而建成的。主殿基本是北方风格，艺术长廊选择南方的小巧别致。170余米的艺术长廊内把我国一些书法大师、大家的为寺题写的作品用石刻方式刻出，镶嵌于长廊内侧的墙上。其中包括我国著名书法家
启功先生、
沈鹏先生、
欧阳中石先生、刘炳森先生、
李铎先生等名家的作品，约计三十余块。为还原皇家寺庙金碧辉煌的气势，一些金光闪闪的地方，完全用纯金和纯铜贴饰，用金铂2000000张，铜铂1000000张。
大雄宝殿中的三世佛像，用
黄铜铸造而成，每尊高达4.5米，重达5吨，每尊佛外贴库金6000张；天王殿中的
弥勒菩萨，用
铜锻造而成，高3.3米，外用7000张库金贴饰。整座寺院气势磅礴。如法庄严。
如今的圣恩禅寺三宝具足，法旗高升。由毕业于中国佛学院的明者法师担任住持。毕业于全国各地佛学院的10余位法师常住。在明者法师的带领下，寺院的修学、法务等活动得以重新恢复。
日后的圣恩禅寺将为整个
昌平区地区，乃至全国的信众提供一个集闻思，修学，积福，忏罪等为一体的正法道场。欢迎广大信众来寺参观，学修。共同增上，圆成佛道。