北镇抚司是明代锦衣卫的下属机构，专管诏狱（又被称为锦衣卫狱），是明代锦衣卫机构中的重要组成部分。

洪武十五年（1382年）为了查办胡惟庸案，朱元璋改置锦衣卫，锦衣卫最初只设置一个镇抚司；永乐年间，朱棣添设北镇抚司，北镇抚司专理刑事，而南镇抚司职掌军匠诸事，形成了两个职事各异的平行机构，北镇抚司专理诏狱，部分司法大权就被归拢到了北镇抚司；成化十四年（1478年）之后，北镇抚司及其所领诏狱就变成了脱离三法司而直属于皇帝的司法机构，具有很大的独立性，成为专制皇权下皇帝排除异己的一把利器。

北镇抚司不受法律的约束，且只服从皇帝一人，其严重地破坏了司法的公平公正，影响了三司所代表的正统的司法程序；而且用重刑逼供制造了一系列的冤假错案，利用诏狱排斥异己，破坏了正常的司法制度，阻碍了司法程序的有效运行。

洪武十五年（1382年）为了查办胡惟庸案，朱元璋改置锦衣卫，锦衣卫最初只设置一个镇抚司；永乐年间，朱棣添设北镇抚司，北镇抚司专理刑事，而南镇抚司职掌军匠诸事，形成了两个职事各异的平行机构，北镇抚司专理诏狱，部分司法大权就被归拢到了北镇抚司；成化十四年（1478年）之后，朱见深下令增加铸造北镇抚司的印信，并且规定：“所有与刑罚监狱相关的事务，不需要先经过本卫的同意或报告，即使是卫所下达的命令，也要直接上报请求是否可行，卫使不得参与或得知这些事务。北镇抚司及其所领诏狱就变成了脱离三法司而直属于皇帝的司法机构，具有很大的独立性，成为专制皇权下皇帝排除异己的一把利器。

北镇抚司负责的管理和狱中犯人的审讯，处理的诏狱案件分为两类：皇帝直接交由其审讯处理，经其他衙门审讯后交由其再审，其他衙门包括三法司和东西厂等特务机构。北镇抚司被赋予独立的诏狱特权，进行不公开的逮捕刑讯处决，不必经过刑部、都察院、大理寺三法司机构会审，也不经过锦衣卫指挥使直接向皇帝负责。但当厂权强于卫权时，锦衣卫的审讯常成为走过场，审讯过程中往往会受东厂的牵制。

北镇抚司在审讯诏狱案件时，常严刑拷讯。据沈德符《万历野获编》记载，锦衣卫北镇抚司刑具总共有十八种，每一种都让受刑者痛苦不堪，备受折磨。锦衣卫拷讯最常使用的一种称为“全刑”：“全刑者曰械，曰镣，曰棍，曰拶， 曰夹棍。五毒备具，呼謈声沸然，血肉溃烂，宛转求死不得。”

诏狱案件经北镇抚司审讯之后，犯人在供招上签字画押，承认罪行，然后将狱情呈上，请旨发落。皇帝还要将案件交由法司， 由法司拟定罪名。北镇抚司对诏狱案件只有审讯权力，并没有拟定罪名的权力。北镇抚司奉旨审讯结束后，要将犯人移交法司，让法司根据北镇抚司的审讯结果拟定罪名，提出处理意见。

北镇抚司设镇抚使，在北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗。其设有正官镇抚使一人，从五品其下有直厅百户一员、当该吏典十名、办事吏二十名、总旗一名、校尉三十名。看监百户五员、总旗五名、校尉一百名、皂隶三十名、直堂把门皂隶十一名。

北镇抚司不受法律的约束，且只服从皇帝一人，其严重地破坏了司法的公平公正，影响了三司所代表的正统的司法程序；而且用重刑逼供制造了一系列的冤假错案，利用诏狱排斥异己，破坏了正常的司法制度，阻碍了司法程序的有效运行。

永乐八年，解缙因直言进谏而被投入诏狱，拷掠备至后并没有治罪，反而一直囚禁于狱中， 直到十三年纪纲上囚籍，成祖见解缙名字仍在其中，说了一句：“缙犹在耶？” 纪纲揣测帝意，将他灌醉后，埋于雪中冻死。

钱若赓在礼部任职时，因选妃事宜触怒了赵顼皇帝，被贬为临江市知府。然而，神宗对此事一直耿耿于怀，欲加严惩。恰逢有人诬陷钱若赓为酷吏，神宗便借此机会将其投入诏狱。尽管巡按御史和三法司依法建议发配边疆，但神宗却将其改为死刑，等候处决。三法司和御史们认为此案存在冤屈，且处罚不公，因为与钱若赓同罪的知州方復乾仅被判充军。臣民们纷纷为钱若赓申诉，但神宗不予理睬。此后，无论是大审还是热审等恤刑活动，钱若赓都未被涉及。其子在隆庆即位后上疏为父伸冤，提及钱若赓因圣怒被加重罪名，关押长达三十七年，现已七十九岁高龄，且多次错过被释放的机会。最终，钱敬忠的孝心感动了朱载坖，钱若赓得以免死回乡。然而，由于长期囚禁在潮湿恶劣的监狱环境中，钱若赓身体已严重受损，释放时已形同废人，几乎与死人无异。

杨涟、左光斗等人因弹劾魏忠贤而遭到其陷害，被捕入狱。东林六君子被投入北镇抚司诏狱，遭受了残酷的酷刑。这些酷刑包括用坚硬的木头做成的“械”、钢铁铸成的“镣”、杨属或榆树枝削成的“棍”、用绳子穿杨木棍套在手指上的“拶”以及杨木做的“夹棍”等。后来魏忠贤派人在监狱里偷偷地处死了杨涟等人。