《敦煌遗书总目索引新编》是2000年7月1日中华书局出版的图书，作者是
敦煌研究院。
本目录按各家入藏先后编排，即
马尔克·斯坦因劫经录、
保罗·伯希和劫经录、
中国国家图书馆藏敦煌遗书科目。
俄罗斯所藏因尚未全部刊布而暂不收录，拟今后与各国、和地散藏编为本书的续编另行出版。实际上，本书是1962年
商务印书馆初版本、1983年中华书局再版本《
敦煌遗书总目索引》收录范围的新编本。
敦煌市写卷每个序号之前，冠有不同字母：
伦敦藏斯坦因劫经部分，冠以“S”；巴黎藏伯希和劫经部分，冠以“P.”；北京图书馆劫余部分，则先冠以千字文编号，紧接着用括号给出《郭煌劫余录》的编号。之所以如此，主要是考虑到学术界引用北图写卷时，习惯于使用千字文编号。
“本文”是指原卷录文，这是当年
刘铭恕先生编《斯坦因劫经录》时的一大创举。我们基本上保留了刘先生的“本文”项，并作了多次校对。对于一些没有条件接解敦煌写卷原件或缩微胶卷、《
敦煌宝藏》的读者来说，通过本目录所录的“本文”，也可以了解到部分敦煌遗书的内容及历史价值，是难得的珍贵资料。