南京城墙博物馆位于江苏秦淮区中华门瓮城东侧，总建筑面积达12696平方米，其中包含4000多平方米的展览面积，由中国工程院院士、华南理工大学建筑设计研究院院长何镜堂，华南理工大学建筑设计研究院副院长倪阳共同设计，是一座地下两层、地上两层的新型博物馆。作为中国古代城墙历史与文化的专题博物馆以及申报世界文化遗产的展示地，南京城墙博物馆是中国规模最大、专业性最强、影响力最为广泛的城墙专题博物馆，被国家文物局列为国家三级博物馆。

2018年5月南京城墙博物馆获批，项目于2018年6月正式启动。2019年底前完成主体施工。2021年12月28日起开始试开放，民众可以免费预约参观。截至2019年末，南京城墙博物馆藏品有1718件/套，其中珍贵文物166件/套，举办展览16个，教育活动30次，参观人数242万人次。

2018年，入榜“南京十大文化地标”；2020年3月，南京城墙博物馆成为中国首个ICOFORT（国际古迹遗址保护协会城防与军事遗产委员会）机构会员，是中国首个加入ICOFORT的文博单位。2023年，“旷世城垣——南京城墙历史文化陈列”入选第二届江苏省博物馆十大精品展览名单。

南京城墙博物馆位于南京市秦淮区老门东地区的边营1号，毗邻中华门瓮城，总建筑面积12000平方米，估算造价1.8亿元。新馆预计年内开工，明年完成主体建筑，2019年上半年正式开放，建成后将成为国内规模最大的城墙专题博物馆。

截至2019年，南京城墙博物馆藏品数量1,718件（套），珍贵文物166件（套）。

2020年3月18日，ICOFORT（国际古迹遗址保护协会城防与军事遗产委员会）正式批准南京城墙保护管理中心（南京城墙博物馆）成为机构会员，成为中国首个加入ICOFORT的文博单位。

2021年12月28日，南京城墙博物馆试开放运营，游客可以免费网上预约入馆参观。

明城垣史博物馆位于南京台城，受制于空间狭小，展厅面积仅200平方米，大量城墙文物藏品无法向市民和游客展示。按照国家文物局“建成南京新的文化地标”的批复意见，去年9月，南京城墙博物馆设计方案启动全球征集，以建设传世文化精品工程为标准，打造南京城南的文化新地标。

此次方案征集吸引了众多国内外一流建筑设计团队参与，最终入围的4个候选方案中，罕见地出现3位院士“同场角逐”的激烈局面。经过反复论证比选，由中国工程院院士何镜堂领衔的华南理工大学建筑设计研究院团队赢下了这场高规格的“设计PK”。这也是何镜堂院士继侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆之后，再次操刀设计南京的文化地标建筑。

2021年12月，在江苏南京举行的2021南京历史文化名城博览会(下文简称名城会)上，当地文化部门负责人透露，历时3年多打造的南京城墙博物馆即将开放。

南京城墙博物馆的建筑设计严格遵循《南京城墙保护条例》对临近城墙建筑物限高12米的要求，建筑最高点仅有9米多，在不影响城墙现有景观的同时，建筑风格也与老门东的建筑风格相匹配。

作为中国古代城墙历史与文化的专题博物馆以及申报世界文化遗产的展示地，南京城墙博物馆选址老城南门东地区的边城1号，毗邻中华门瓮城、秦淮河，总建筑面积12000平方米，5000平方米的展览面积是老馆的20余倍。南京城墙博物馆建成后，将成为国内规模最大的城墙专题博物馆。

南京城墙博物馆的建筑平面呈L形，在对沈万三陈列馆及其西侧绿地地下空间进行改扩建后，形成地上地下各两层空间。其中，地上一层为公共服务区，设有展厅、接待大厅、咖啡厅和学术沙龙专区，地上二层为学术沙龙办公区和报告厅；负一层为临时展厅，通过扶梯可达到地上展厅；负二层为文物收藏区和附属功能区，包括文物库房、地下车库、文保工作区及设备用房等。

建设南京城墙博物馆，自然少不了城墙元素。何镜堂院士团队的设计方案以当代建筑语汇，将中华门瓮城的马道、平台等建筑元素加以提炼，实现了古城墙与新展馆之间的和谐交融、古今呼应。

中华门瓮城东侧长长的斜坡马道和宽阔的城楼平台，是明城墙最为人熟知的标志性设计之一。南京城墙博物馆与中华门瓮城相隔咫尺，设计方案将后者的马道、平台两大元素加以提炼，转化为博物馆西侧三段反向攀升、长四五十米的坡道，连接起高低错动的观景平台，形成近城低、远城高的自然态势，与另一侧的中华门瓮城遥相呼应。

2020年3月26日，COFORT批准南京城墙保护管理中心（南京城墙博物馆）成为机构会员，这也是中国首个加入ICOFORT的文博单位。

从设计效果图来看，南京城墙博物馆如同古城墙脚下一个半透明的城市公园，以三层夹丝中空玻璃构成的半透明幕墙，成为博物馆建筑外观最为吸睛之处。

南京城墙博物馆的外立面选用了三层中空设计的夹丝反射玻璃，内嵌金属层和高性能太阳能热保护膜，可以有效减少阳光的入射率，达到节能降耗的效果。从建筑内部向外看清晰透明，古朴厚重的明城墙近在眼前，自外向内看则是半透明的模糊效果，玻璃上还会映射出周围的城墙景观。

设计团队表示，之所以采用半透明的玻璃幕墙作为外立面，是希望表达一种“消隐”的理念：通过建筑外观模糊映射的方式，让博物馆消隐自身的建筑体量，更好地融入周边的古城风貌之中，让博物馆与古城墙之间实现视觉上的并置与交融。

南京城墙博物馆的正门位于北侧，在最初的设计方案中，只在地上一层设置了一个主入口。为了让游览线路更加便捷，设计方案近日又进行了一些调整，在地下一层增设了一个入口，让游客可以从中华门瓮城地下通道或内秦淮河码头直通博物馆。

根据设计方案，中华门瓮城的停车场区域将建设一条地下通道，内秦淮河南侧的长乐渡步行街则会设立一个亲水码头，两者连通后将直通南京城墙博物馆的地下一层入口。届时，参观完中华门瓮城的游客不用过马路，就能直接从出口处的地下通道前往博物馆继续游览，乘坐秦淮河旅游船的游客也可以在此登岸停靠，实现水陆游线的无缝衔接。

南京城墙博物馆建成开放后，其折板造型的屋面和宽敞的广场绿地将融为一体，成为一个开放式的城市公园。即便在博物馆闭馆时，市民也可从外部沿着三段斜坡式马道登上屋顶的观景平台，一览周围古城墙、秦淮河、大报恩寺遗址公园的美丽风光。

2022年5月17日晚，“盛世聚首——圆明园兽首特展”在南京城墙博物馆开展。