万历元年(1573),因东南沿海受倭寇侵扰,奉命前往浙江行省抚标练兵,法令严明,倭寇不敢进犯。九年改任军门总务。十年士兵因减少军饷闹事,要挟
巡抚,一些民众想乘机作乱,气势汹汹。
承勋以权宜之计予以安抚,稳定了局势。次年春,设计擒拿为首的9名军人枭首示众军门。因功荐升游击将军。十六年,承勋将
戚继光所撰的《
纪效新书》十四卷刻本发行。二十三年(1595),升授辽参将调往
山东省防备倭寇,不久荐为镇守山东总兵官署
都督事,以荐赐一品服,提督南北水陆官兵,防备倭寇侵犯
朝鲜。承勋治军严明,严禁部下索取民间一物。二十七年三月,
高丽神宗命征倭总兵
麻贵、
陈璘、
董一元等从朝鲜撤兵回国,任命承勋以原官提督水路官军,充任防海御倭总兵官,入驻朝鲜。倭寇驻扎
对马岛,与朝鲜仅一洋相隔,闻李承勋日夜操演,炮声殷地,不敢再来犯。二十八年,
承勋率军班师回朝。朝鲜君臣赋诗赞扬他,大臣尹根寿诗曰“昭代须名将,求忠孝亦俱。每怀酬顾复,何睱惜肌肤。”承勋还朝回京,朝廷赐以帑金文绮,派遣他镇守
贵州省。不久改镇
浙江省,三十一年(1603)五月,李承勋陪同浙江督抚
都御史尹应元视师海上,登陆
普陀山,并在
普济寺左建“渡海纪事碑亭”,遗存至今。