玉门市博物馆，于1990年6月8日经玉门市政府批准成立，为正科级、财政全额拨款的公益性事业单位，隶属于玉门市文化出版局，现有编制3人，实有人数5人，设
馆长1人、副馆长1人，内设文物收藏研究部、陈列展览部、安防保卫部等机构，是玉门境内唯一的一所收藏、陈列、研究自然界和人类社会发展见证物的综合性社会文化教育机构。
2018年9月，经过博物馆自评申报，省级博物馆行业组织评定，全国博物馆评估委员会组织专家复核，并报请国家文物局备案，
中国博物馆协会决定同意玉门市博物馆为第三批
国家三级博物馆。
玉门市博物馆的主要职能是：全面贯彻落实国家关于文物保护的法律、法规、政策；收藏、研究玉门境内的文物；开展文物藏品的陈列展览，宣传玉门悠久的历史和灿烂的文化；对群众进行
爱国主义、优秀传统文化教育；配合政府文物部门开展文物资源的保护和合理利用。
博物馆藏品分为陶器、银器、铜器、石器、骨器、木器、瓷器、玉器、彩绘砖等十几类，尤以
火烧沟文化遗址类型文物、马文化类型文物为特色，同时还有汉、
魏晋、明清时期的文物，这些文物构成了博物馆的馆藏基础。
文物保护管理所的主要职能是：贯彻执行《文物保护法》的有关规定，指导、协调本市辖区内文物管理、保护、抢救、宣传工作；负责辖区内文物市场管理；负责乡镇文物管理人员培养和队伍建设等工作。