故事讲述
铃原美咲来到
东京升上初中一年级，在街上看到了被称为“天使”的战斗场面，便被“她”深深吸引着，而一位神秘男子，他自称阿一，说着要教导美“育成”自己的“天使”。在购买“
天使之卵”之后，便高高兴兴到了阿姨家里寄宿，并打开了“天使之卵”，开始“育成”她，“制作”完成后，
高桥美咲为她取了小光这个名字。第二天，美咲正式在东京上学，不久便认识了一对青梅竹马的好朋友
虎太郎及珠代，他们三人很快便成了好朋友。
《天使领域Angelic Layer》混合了育成游戏、
格斗游戏、模型多种元素。
12岁的小女孩Misaki（
宫永咲）只身来到
东京，她将投奔姨妈家，开始自己的初中生涯。在火车站外的大银幕上，一场激烈的战斗场面吸引了小咲的目光。那是纤巧的机械战士之间的战斗，身着白衣的
雅典娜动作是那样的迅捷优美，虽然身材力量不及对手高大威猛，可还是以绝对优势战胜了对手。原来这是东京最流行的玩具/游戏—机械天使。小咲觉得这简直棒极了，她也想要一个自己的天使。一位身穿白衣的疑似
变态的大叔指引咲到商店买了全套的天使玩具。这一天，用光了身边所有钱的小咲只好徒步走到姨妈家。
小咲终于拥有了属于自己的天使，她为她取名叫“
小光”。和小咲一样，小光也是身材瘦小、短发的女孩。不过，小咲相信，天使的能力不在于身材的大小，她有信心小光一定能战胜对手。在几个新朋友，—
虎太郎、珠代、鸠子、还有那个穿白衣的大叔—小一先生的鼓励下，
宫永咲参加了机械天使的比赛。小咲用她那惊人的天赋，一路过关斩将。并结识了更多的朋友。在朋友的帮助和她与小光的努力下，她能否进入最后的全国大赛，和当初看到的白衣天使—全国冠军雅典娜较量呢？小咲所不知道的是，
雅典娜的操纵者，正是自己多年未见的的母亲。