兵农分离指兵与农相互分离，所谓兵，就是指的武士，而农是指农民，但在绝大多数战国大名辖下，这两者并不是能够截然加以区分的。

日本战国时期是战争频繁的乱世，以幕府将军和幕府分封在各地的守护职威信下滑，原本辅佐守护的守护代、各地土豪、甚至平民崛起成为大名。各地大名进而称霸一方甚至于成为掌控天下的“天下人”都成为可能。另外此时日本与欧洲人之间的贸易交流正式展开，基督教和火枪的引进改变了社会和战争型态。到了战国中、后期，过往封建制度下的农奴地主关系也逐渐遭到破坏。以织田信长为首的各国大名逐渐摆脱以往的兵农合一制度，开始把武士、士兵从农村和农业中脱离出来，编成专门进行统治和战斗的集团，使之集中居住在大名的城下，这个做法叫做“兵农分离”。

此举的产生有其历史必然性：

首先，随着历史的进程纷繁复杂的战国局势逐渐显现轮廓，弱小的大名逐渐被强者吞并，强者因而更强，在各地区都已逐渐形成有一定经济和农业实力的武士集团，这为建立脱离农业生产的常备军队提供了必要的主观条件。

其次，各武士集团实力的提升，也决定了爆发冲突强度的提升，想要获胜必须建立更加强大的军事力量。火枪等新式武器在战争中的普及对军人的战斗素质提出了跨越式的要求，在兵农合一的制度下士兵根本无法满足这种要求，这也是为何较早在军队中大规模使用火枪的织田集团最先开展兵农分离的原因之一。这也是随着战争的发展对“兵农分离”提出了客观要求。

丰臣政权逐步实行的“兵农分离”政策，为他们统一整个日本打下了坚实的基础。所谓兵，就是指的武士，而农是指农民，但在绝大多数战国大名辖下，这两者并不是能够截然加以区分的，大量中低层武士本身也从事农业生产，和富农、中农无异，而多数农民在领主发出动员令以后也必须抬枪上阵，变成了低级武士也就是足轻。这种非常备军制度所引发的弊病是显而易见的：首先，兵源质量得不到保证，农民兵士气偏低，所以很多战场上都会发生数十骑冲散数千人的奇特现象；其次，因为绝大多数的兵役负担者本身也从事农业生产，所以发动战争的同时必然会耽误耕种，破坏领内经济；其三，领主用减免年贡和劳役的方法来要求兵役，这就使得发动战争的经济负担加倍，而长期远征更是非常破费的事情，因此绝大多数战争都只能发生在农闲时候；其四，大批农民握有武器，随时可能结合起来发动一，反抗领主的统治。

虽然兵农不分对封建领主可能造成相当大的损害，但因为战国时代战争数量增多，规模扩大，使得大名们为了可以动员起庞大兵力以应付内外之敌而不得不饮鸩止渴，不仅无法打破这种旧模式，甚至还更加推波助澜。长宗我部氏家中实行所谓“一领具足制”，即除了被称为马回众的领主亲卫外，主要军事力量来源于半农半兵的所谓“在乡武士”，很多在乡武士只要拿得出一件甲（具足），就能在战争中成为中坚将领。岛津氏也有类似政策，拥有一町以上土地的中农、富农被称为“有足（具足）众”，是经常的兵役对象，而那些“无足众”在爆发大规模战斗时也都跑不了，必须抬枪上阵。

在这种背景下，还没有统一小小的备中国的三村氏为了讨伐宇喜多直家，尽搜领内，竟然能够组织起两万大军，也就不奇怪了，而直家的祖父能家竟能用七十骑突破敌军近万农兵，也不算是什么奇迹。

织田信长初始也维持兵农不分的政策，等到消灭浅井氏和朝仓氏，压制本愿寺，基本上撕破了“信长包围网”以后，其领地日益扩大，军事实力天下无双，为了提升兵源质量，遂开始实行“兵农分离”政策。兵农分离有一个很大的前提，那就是大名的一元化统治达到极致，对其属下将领拥有转移封地的绝对权力，从而使相当多武士与他们世代居住的土地剥离开来。信长进而在入住安土城以后，要求大量武士离开封地，统一居住在安土城下町中。从此以后，武士不再从事农业生产，终于变成了职业军人或者封建官僚。

丰臣秀吉继承织田信长的政策，不仅如此，他还将信长时代开始的“刀狩令”扩大到日本全国，在使武士成为职业军人以后，更解除了广大农民的兵役负担，把他们牢固束缚在土地上，只要为领主生产耕种、服劳役即可。天正十九年（1591年）八月，秀吉正式发布了区分武士和百姓的相关条例，禁止相互间的转职。

然而这样就又出现了新的问题，大批在乡武士不甘于只以耕种为生，他们以其世代跟随领主出征的功勋为名，强要挤进武士阶层中去，武士数目既多，却又无仗可打，没有更多的俸禄可给，没有新的知行地可分，很多统一政权下的大名藩主为此捉襟见肘，濒临破产边缘。最终的解决办法是，他们给相当多的在乡武士以武士名份，却又要求他们继续回乡耕种，从而武士就形成了常备兵和预备兵两个阶层。

因此，彻底的“兵农分离”，只在织田·丰臣政权直接统治下的领地里才真正实行过。

社会劳动生产力的发展是根本原因。