微齿眼子菜是一种多年生沉水
草本,无根茎。茎细长,直径0.5—1毫米,具分枝,近基部常匍匐,于节处生出多数纤长的须根,节间长2—10厘米。叶条形,无柄,长2—6厘米,宽2—4毫米,先端钝圆,基部与托叶贴生成短的叶鞘,叶缘具微细的疏锯齿;叶脉3—7条,平行,顶端连接,中脉显著,侧脉较细弱,次级脉不明显;叶鞘长0.3—0.6厘米,抱茎,顶端具一长3—5毫米的膜质小舌片。
穗状花序顶生,具花2—3轮;花序梗通常不膨大,与茎近等粗,长1—4厘米;花小,被片4,淡绿色,
雌蕊4枚,稀少于4枚,离生。果实倒卵形,长约4毫米,顶端具长约0.5毫米的喙,背部3脊,中脊狭翅状,侧脊稍钝。花果期6—9月。