棉花屿全岛皆被火山熔岩给覆盖，坚硬多孔的岩脉因具有较强的抗风化与抗侵蚀性质，经年累月下形成了岩骨，和岸边的海蚀柱成为此岛屿的特殊地质景观。

棉花屿(Mien Hua Yu，又称crag)，为台湾省的附属岛屿之一，位于基隆市外海，为台湾的最东端岛屿。是由火山作用形成的岛屿。与花瓶屿、彭佳屿合称北方三岛。棉花屿最早于清代便有人居住，日本时代也有定期船往返棉花屿与基隆之间；国民政府迁台之后划入军事管制区而无人居住。1996年基隆市政府向台湾地区行政机构农委会提出“棉花屿、花瓶屿野生动物保护区”的规划，以保护岛上野生动植物。棉花屿也是台湾北部唯一的海鸟繁殖地。

棉花屿是东南高，西北低的地势，北部属于台地地形，是一座由灰黑色橄榄石，古辉铜石和玄武岩所组成的火山岛，东西长度约为530公尺，南北则为800公尺，海拔最高是61公尺，周长为2200公尺。棉花屿几乎都是平直的断崖，只有西岸西北角的一个小湾允许登陆，但又因岛屿与岩礁之间距离太短，且风势太强大，船只停泊有相当高的难度。棉花屿的东侧还有一座高25公尺岩礁伫立在海面上，称为“中式屏风岩” 。

棉花屿位于东经122度6分，北纬25度30分，距离基隆市东北方约65公里，东西长约300公尺，南北长约400公尺，面积0.13平方公里，海拔最高的地方只有61公尺。棉花屿和北方的彭佳屿，西南方的花瓶屿，三足鼎立。由于棉花屿和彭佳屿地理位置相近，形状也相似，所以有不少渔民都误将棉花屿当作彭佳屿。

棉花屿的海岸为连续的断崖绝壁，海浪冲击崖底部；海岸垂直，只与西北部有一个小湾，约50公尺宽，海崖较低，有一个小沙洲与平地连接，成为本岛唯一登陆地点，东海岸的中央部分有一个岩礁，高约25公尺，屹立于海中，呈一奇观，有“屏风岩”之称。

本屿地势，大致东南部最高，北部呈台地状，西北部的小湾内有宽约20公尺的沙洲，与内部的稍宽平地相连，而呈簸箕型。东南部的高低有三座小丘，其东者（东丘）最高，海拔61公尺，丘顶至山坡有缓起伏面；西南丘比东丘约低6-7公尺，顶上岩石裸露，山劫巍峨，但山腹一下被岩屑沙土覆盖。

本屿是一座火山岛，由灰黑色橄榄石古铜辉石玄武岩的熔岩流所成，有时成熔渣状。其中有坚硬多孔质的岩脉，抵抗风化作用，而突出于地表，尤其是东南丘的丘着最标准。此外火山熔岩上有些浮石凝灰岩覆盖，厚度十余公尺，与本屿东方及东北方最发达。

棉花屿的火山活动期可能较彭佳屿早期的火山碎屑岩活动为晚，但与熔岩流活动期相差无几。再五十余万年前有玄武质熔岩流，然后有浮石凝灰岩堆积。

本屿动物资源以鸟类为主。据台北市野鸟学会在1992年6月，与基隆市野鸟学会1994年5至9月间的调查，在棉花屿共记录到鸟类26科58种，包括保育类鸟种大水鸟，白顶玄燕鸥，黄嘴白鹭，赤腹鹰，鵟，，黑枕燕鸥，褐翅燕鸥，玄燕鸥，红尾伯劳，印度寿带等10种。在花瓶屿方面，主要为白眉燕鸥，褐鲣鸟之繁殖和栖息场所，曾记录到之保育类鸟种有白眉燕鸥，隼等。哺乳类方面，在棉花屿岛上原有30余只放生羊，岛上裸岩旁有多处羊群栖息区，为维持原有之生态群落，主管单位已于公告日将这些放生羊运回台湾省本岛。

棉花屿土壤贫瘠，夏季干旱，冬天风势强劲，不利植物生长，植物大多由草本植物所组成，无灌木与乔木。白眉燕鸥与岛上四周悬崖上与中式屏风岩上约上百个巢位；白顶玄燕鸥与东北侧礁岩上活动；春、秋季过境鸟大致与全岛可见；福特猛禽多停栖与岛上最高处。

栖地环境

棉花屿土壤贫瘠，夏季干旱，冬天风势强劲，不利植物生长，植物相大多由草本植物所组成，无灌木与乔木。褐翅燕鸥于岛上四周悬崖上与屏风岩上约上百个巢位；玄燕鸥于东北侧礁岩上栖息，并于主岛东侧向北的陡坡上繁殖；褐鲣鸟则停栖于屏风岩之北壁与南壁；矶鹬，岩鹭于主岛西，北及东北侧之礁岩上活动；春，秋季之过境鸟大致于全岛可见；猛禽多停栖于岛上最高处。

花瓶屿上植物呈零星分布，以石板菜为主。花瓶屿四周陡峭，无法登陆，形成一处天然适合海鸟栖息，繁殖的地方。约百只的白眉燕鸥，于东北地区侧凹陷之矮草区繁殖，活动；白腹鲣鸟主要栖息于东北侧另一独立巨石岩壁上，最多曾在8月份时记录到100只左右。

保育类鸟种

一、濒临绝种

1、隼（红官）

二、珍贵稀有

1、灰脸鵟鹰（ Butastur印度）

2、赤腹鹰（雀鹰soloensis ）

3、黄嘴白鹭（黄嘴白鹭）

4、白顶玄燕鸥（ Anous stolidus ）

5、褐翅燕鸥（燕鸥anaetheta ）

6、黑枕燕鸥（燕鸥红豆杉）

棉花屿与花瓶屿位于基隆市北方约65公里处海域，与邻近之彭佳屿同属基隆市政府辖内独立于台湾省本岛外之火山岛屿。其中棉花屿与花瓶屿因为地型陡峭，早期又为军事管制区，较少有人为之干扰，因而保存了较完整之自然风貌与海岛火山地质原貌。

公元1886年，中法战争后，乔治·马偕医师曾描述棉花屿聚集了上万只的鸟类在此栖息活动；而后，在日本学者伊能喜矩的《彭佳屿调查报告书》中，更报导本区有鲸目，信天翁科，大渔场3大自然资源。近年来的调查报告中对棉花屿与花瓶屿自然资源的描述：包括《国立海洋科技博物馆特定区鸟类资源之初步调查研究》中记录珍贵稀有之褐鲣鸟在此地栖息；基隆市野鸟学会的调查中则有白顶玄燕鸥，褐翅燕鸥繁殖记录，以及白腹鲣鸟，矶鹬，岩鹭等鸟类之栖息与活动记录。鉴于棉花屿与花瓶屿在鸟类繁殖，过境与栖息上的重要性，农委会于1995年6月12日公告棉花屿与花瓶屿为野生动物重要栖息环境，而后为了避免人为干扰，造成自然景观的破坏，基隆市政府乃于1996年3月18日将其公告划定为野生动物保护区。主要目的在保护岛上栖息繁殖之鸟类及生态环境，以及特有之地形地质景观，并推动赏鸟活动，以加强自然生态保育。

土地利用现况

棉花屿：业已登录为国有土地，无驻军与军事设施，划设为保护区后，为基隆市政府所管理。万应公庙为目前岛上仅存的人工建筑物，无人居住。

花瓶屿：为一无人岛屿，尚未登录为国有土地，划设为保护区后，正由主管机关进行土地测量，办理国土登记后，交由基隆市政府管理。

管理状况

分区规划成核心区与缓冲区：

1、核心区：棉花屿与花瓶屿陆域部分。

2、缓冲区：棉花屿平均低潮线向外延伸500公尺海域与花瓶屿平均低潮线向外延伸200公尺海域部分。