1957年5月，南平军分区归福建省军区建制领导。司令员翁少元，政治委员刘健夫(地委书记兼)，第二政治委员王德潜。机关编制72人。负责
中国人民武装警察部队内卫部队治安、
地方武装及兵役工作。1971年8月，军分区机关迁
建阳区，改为建阳军分区。1989年2月，机关迁回南平，又更名为南平军分区。
归省军区建制领导时，辖南平市，南平、
古田县、
屏南县、
沙县区、
尤溪县、
将乐县、
泰宁县、
建宁县、
顺昌县、建阳、建瓯、
浦城县、
松溪县、政和、崇安、光泽、
邵武市、
闽清县、三明县等20个县(市)兵役局。以后随着
行政区划的变动，撤销了
剑浦县兵役局，三明县兵役局改称三明公社人民武装部(县团级)，直归
福建省军区建制(1960年7月改称
三明市人民武装部)；并先后将闽清县兵役局和古田、屏南县人民武装部划归闽侯军分区建制；将尤溪、沙县、将乐、泰宁、建宁县人民武装部划归
三明军分区建制；建立又撤销建西县
人民武装部。此外，松溪、政和二县一度归福安军分区建制。至1986年6月改归地方建制时，
建阳区军分区辖
南平市、
邵武市，建阳、建瓯、崇安、
浦城县、
松溪县、政和、光泽、
顺昌县等10个县(市)人民武装部。1989年8月，崇安县改建为
武夷山文庙，崇安县人民武装部亦改称武夷山市人民武装部。