现在很多分类学家将百合科里的一些属分离出来，合并采用芦荟科（Familia Aloeaceae）这个新科，目前采用这个科名，主要来自美国植物学家克朗奎斯特(A．Cronquist)于1968年在其《有花植物的分类和演化》中的系统，该书在1981年进行了修订版《有花植物的综合分类系统》。芦荟科可以看作是百合科下一级分类单位芦荟族的提升。也可以把这个科看作百合科的异名，就象曾经把百合科里的一些多肉植物的属（也包括一些球茎植物类的属）放在Asphodelaceae 日光兰科或称阿福花亚科一样。

现在很多分类学家将百合科里的一些属分离出来，合并采用芦荟科（Familia Aloeaceae）这个新科，目前采用这个科名，主要来自美国植物学家克朗奎斯特(A．Cronquist)于1968年在其《有花植物的分类和演化》中的系统，该书在1981年进行了修订版《有花植物的综合分类系统》。

芦荟科可以看作是百合科下一级分类单位芦荟族的提升。也可以把这个科看作百合科的异名，就象曾经把百合科里的一些多肉植物的属（也包括一些球茎植物类的属）放在Asphodelaceae 日光兰科或称阿福花亚科一样。

Class LILIOPSIDA百合纲

亚纲 V. 百合亚纲　百合亚纲

Order 1. Liliales　 百合目

Family 8. Aloeaceae      芦荟科

芦荟属 Aloe L. （约350种）

瓦苇属 十二卷属 Duval （约175种，通常包括Astroloba松塔掌属7种、Poellnitzia青瓷塔属属1种、Chortolirion枯茎百合属10种）

鲨鱼掌属 Gasteria Duval （约20种）

穗百合属 Lomatophyllum Willd. （约15种）

火把莲属 Kniphofia L.（约70种，通常包括Notosceptrum尾草属和部分Bulbine鳞芹属）

现在的《被子植物APG分类法》，从分子分类角度，冲击传统分类法。以前的分类法将芦荟科的大部分属分在百合科内，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将百合科内大部分属独立出来，列属于天门冬目，把芦荟属等多肉植物，归并在独尾草科内，2003年经过修订的APG II 分类法将该科和刺叶树科以及萱草科列为可以选择合并的科，尤其和刺叶树科的亲缘关系较近。

APG分类法Asphodelaceae阿福花亚科分类大致如下：

芦荟属Aloe

十二卷属Haworthia

鲨鱼掌属Gasteria

青瓷塔属Poellnitzia

鳞芹属Bulbine

日光兰属Asphodeline

金穗花属Asphodelus

凤尾百合属Bulbinella

独尾草属Eremurus

火把莲属Kniphofia

穗百合属Lomatophyllum

灯草百合属Jodrellia

粗蕊百合属Trachyandra

芦荟科是百合科下一级分类单位芦荟族的提升，也是百合科的异名。阿福花亚科把百合科里的一些多肉植物的属（也包括一些球茎植物类的属）列出，也被称为日光兰科、芦荟科或阿福花科，也可以看作是异名。这些分类中，一般把苍角殿属和鳞芹属多认为被分在风信子科里，穗百合属和火把莲属多认为在另立的日光兰科内，有的学者觉得芦荟科只有一个代表属即芦荟属。

综合以上分类，对于研究和栽培多肉植物的人来说，包括一些小属在内，恰当的分类，Aloaceae芦荟科分类至少包含如下几个属：

芦荟属 Aloe L. (350种)

瓦苇属 十二卷属 Duval (165)

鲨鱼掌属 Gasteria Duval (20)

松塔掌属 Astroloba Uittewaal (7)

青瓷塔属 Poellnitzia Uittewaal (1)

但瓦苇属从更广义上说被分类学家包含以下几个属：

瓦苇属 Haworthia

松塔掌属 Astroloba

青瓷塔属 Poellnitzia

枯百合属 Chortolirion

现在认为枯百合属（Chortolirion）虽然在花上和瓦苇很近似，但是更多的性状和芦荟相似，一般都认为枯百合属是芦荟属中草芦荟组的一类（Section Grass Aloe）。青瓷塔属原先归并在松塔掌属内，现在认为可能算做鲨鱼掌属(Gasteria)的一种。松塔掌属成为瓦苇属的一个亚属。所以一些学者认为广义分类上说，瓦苇属至少包括瓦苇亚属（软叶类）、十二卷亚属（硬叶类）和松塔掌亚属三类。

芦荟科叶多肉植物属主要特征是为：多年生草本或木本，总状花序顶生，花被管状，产地为非洲和阿拉伯地区。芦荟科的各属是单子叶植物发展成为高度虫媒植物的进化类型。芦荟科的独立也并不是百合科多肉植物的完结，在观赏园艺上仍然有很多多肉植物包含在百合科和风信子科内。

《被子植物APG分类法》是1998年由被子植物种系发生学组（APG）出版的一种对于被子植物的现代分类法。这种分类法和传统的依照形态分类不同，是主要依照植物的三个基因组脱氧核糖核酸的顺序，以亲缘分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。

在科一级的分类时，这种分类法因为将一些传统的科分为几个科，或将几个传统的科合并，引起了很大的争议。在目以上的分类时，这种分类法没有使用传统的分类名称：门和纲，而是使用“分支”，例如单子叶植物分支、真双子叶植物分支、蔷薇分支、菊分支等。

2003年这种分类法出版了修订版《被子植物APG II分类法 (修订版)》。修订版是由被子植物种系发生学组（APG）基于1998年出版的《被子植物APG分类法》的修订版，吸收了全世界大部分著名的植物分类学家的意见，可能随着新发现今后还有修改的余地。目前已经在现代的参考文献中占很重要的地位。