《四圣悬枢》，是论述瘟、疫、痘、疹之专书。“黄氏鉴于历代医家于瘟、疫、痘、疹四病，其论多杂乱无章，其药多孟浪不精，乃溯源《内》、《难》经者，参以
魏晋以来前贤之论，撰《四圣悬枢》五卷。
国朝
黄元御撰。是书谓寒疫、温疫、
痘病、疹病皆由于岁气，世皆以小儿之痘为
胎毒，非也。若能因其将发而急表散之，则痘可以不出。其说为宋以来所未有。夫痘病之发，每一时而遍及远近，且轻则大概皆轻，重则大概皆重，则谓之岁气，亦非无理。然究由胎毒伏于内，岁气感于外，相触而发，必谓不系胎毒，何以小儿，同感岁气，而未出痘者乃病痘，已出痘者不病痘乎？是又未可举一废百也。
著述经过己巳(1749年)春，初析
瘟疫痘疹，癸酉(1753年)八月修，至九月十七日书成。
学术特点《四圣悬枢》，对病之原始要终，以六经辨治，所拟诸方，均宗四圣之旨。其文探颐索奥，发四圣之微蕴，前哲之精言，参以己临证经验，条分缕析，前后融贯，独具特色。谓寒疫、湿疫、痘疡皆由于脏气，世人以痘为小儿
胎毒，非也；若能因其将发而急散之，则痘可以不出，其说为宋以来所未有。
《
四库全书》评价《四圣悬枢》，“谓寒疫、温疫、痘病、疹病皆由于脏气，世皆以小儿之痘为胎毒，非也；若能因其将发而急表散之，则痘可以不出。其说为宋以来所未有”。
医界评价《黄氏医着十一种》(下册)“内容提要”中指出：《四圣悬枢》，是论述瘟、疫、痘、疹之专书。“黄氏鉴于历代医家于瘟、疫、痘、疹四病，其论多杂乱无章，其药多孟浪不精，乃溯源《内》、《难》经者，参以
魏晋以来前贤之论，撰《四圣悬枢》五卷。第一卷论瘟病，第二卷论疫病，第三卷论
痘病，第四卷论疹病。辨析四病原始要终，病因机转，以六经辨证，解析八纲，所拟诸方，均宗四圣之旨，并对时医多承家技，莫辨温凉的陋习逐一予以驳斥。末卷伊公四问，补叙前四卷所未详者。是书发四圣之微蕴，采前哲之精言，扼要精当，独具特色。”
天未尝有生而无杀，或以兵荒，或以疫。杀之自天，于人何尤，然此虽天之过乎，抑亦人之罪焉。兵荒未必杀人，世无良相也，疫疠未必杀人，世无良医也。相而不良其罪小，医而不良其罪大。
魏晋以来，至于今日，疫疠之杀人多矣。其书数十百部，其徒数千百人，病则家不得免，药则户不能逃。最可恨者，小儿之痘疹，即大人之疫疠，愚妄不以为岁气，而以为
胎毒。哀此百万生灵，既困天灾，复加人祸，民有两死而无一生，吁其悲矣！天地不仁，不过以百姓为狗，愚妄不仁，遂至以苍生为鱼肉，此怨天乎？抑尤人乎？
张仲景先师，创内外感伤之法，而未言疫疠。其言之彰明而较著者，人犹有未解，况其未言者与，何怪于群儿之讹谬耶。仆于己巳春初，草《四圣悬枢》，析温疫痘疹之义，辛未六月，笔削于清江河院暑中。四部俱成，
伤寒之义元矣，疫疠之义，元之又元。慨夫！上士十载悟玄，下士见之大笑，以为尚白。其于意眇旨，玄而白之，其于沉辞浮藻，白而玄之。此黑之悬，彼白之募，是墨以为明而狐以为苍也。
杨朱之弟，黑出而白入，其狗吠焉，杨朱之狗，黑往而白来，其弟怪焉。兹苍黄之未变，又黑白之不分，世无杨朱之弟矣，世亦并无杨朱之狗也。往有楚士而官于齐者，聚书数车，袭故纸以谈岐黄，览兹玄解，胡卢而笑。吴牛之喘，未见月也，蜀犬之吠，未见日也，吾安得进吴蜀之犬牛，登泰岳，凌清浮，与之抑日月之光华哉！昔子云草《玄》，
侯芭从而受业，
桓谭以为绝伦。今宇内之大，谅必有侯桓其人，吾将藏之深山，虚坐以待矣。