冯肇传在宜兴县立鹅山小学接受教育，表现出色。之后进入
清华大学继续学业，并于1918年完成学业。此后，他前往美国乔治亚大学深造，主修棉作学，并于1921年获得农
学士。紧接着，他又转至
康奈尔大学研究院攻读遗传学专业，并在次年取得科学硕士学位。
1922年，冯肇传应
张謇之邀，成为
南通大学农科的棉作及遗传学教授，并兼任农科主任。一年后，他在台湾中央大学农学院担任同样的职务，并在上海
国立劳动大学讲授棉作课程。在此期间，他不仅教学，还积极参与中棉遗传研究。1933年秋季，冯肇传被任命为浙江省立棉业改良场场长，并在
浙江大学农学院担任教授。在
浙江省，他进行了广泛的实地考察，并制定了全省棉作改良计划，包括在
杭州市设立浙江棉业试验总场以及在
慈溪市建立美棉试验区。他的努力显著提高了浙江棉花的质量和产量，使他被誉为30年代四大棉作专家之一，其研究成果得到了广泛的应用。
1936年，冯肇传被聘为湖北棉业改良委员会的棉业试验总场场长，并在
武汉大学农学院任教。在那里，他主要研究棉花的移植栽培、壅土及光照期等课题，并在《鄂棉》杂志上发表了多项研究成果。
七七事变发生后，1938年末，冯肇传迁至
重庆市，重新加入台湾中央大学农学院。由于重庆不适合种植棉花，为了拓展棉区，1940年，他应邀前往
西昌市，担任
国立西康技艺专科学校教授及农牧科主任。1942年初，他组织了“康南农业考察团”，亲自担任团长，对西昌周边地区进行了长达50天的深入调查。这些调查数据对于编写《宁属农业资源》一书至关重要。同年秋天，他离开西昌返回四川，并加入了
复旦大学农学院，担任教授、农学系主任及代理院长。然而，由于在西昌的工作压力大且生活条件艰苦，他曾多次受伤，导致健康状况恶化。1943年4月抵达重庆后不久便因病逝世，享年48岁。
冯肇传在其职业生涯中取得了丰硕的科研成果。他的研究涵盖了棉花的多个方面，包括移植栽培、壅土及光照期等。他的研究成果不仅在国内广受欢迎，而且在国际上也受到了认可。他的贡献使得中国棉花产业得以提升和发展，尤其是在
浙江省地区的棉作改良工作中，他的成就尤为突出。