南京市第二医院（英文名：THE SECOND HOSPITAL OF NANJING，别名：南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，南京市肿瘤医院），是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院，现任院长是杨永峰。

南京市第二医院始建于1933年，前身为南京市立传染病医院。1968年，南京市立传染病医院革命委员会成立。1996年，由原南京市钟阜医院与原南京市传染病医院合并为南京市第二医院。2009年，医院成为“三级甲等传染病医院”。2016年，医院挂牌“南京市公共卫生医疗中心”，南京市公共卫生医疗中心同时挂牌南京市第二医院汤山分院。2019年，医院成为“徐州医科大学南京第二临床学院”。同年，挂牌“南京市肿瘤医院”。2024年11月，南京市第二医院主办的国家级继续教育学习班《艾滋病防治新进展》顺利召开。南京市第二医院开放床位2000张，在职职工1777人，重点专科有感染性疾病科、肝病科、结核病科、妇产科、普通外科、肿瘤学等。南京市第二医院共有两个院区，其中钟阜院区位于南京市鼓楼区钟阜路1-1号，占地42亩。汤山院区位于南京市江宁区汤山街道康复路1号，占地480亩。

南京市第二医院先后获得“全国卫生系统抗击严重急性呼吸综合征先进集体”“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”“人感染H7N9禽流感病毒疫情防治工作中表现突出单位”“国家埃博拉出血热疫情防控先进集体”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“全国先进基层党组织”“全国三八红旗集体”等荣誉称号。

1933年，南京市立传染病医院。1949年，南京市立第二医院。次年，南京市立传染病医院。1968年，南京市立传染病医院革命委员会。1971年，南京市钟阜医院传染病区。1974年，南京市传染病防治院。1984年，南京市传染病医院。

1953年，南京市建筑公司门诊部。次年， 南京市建工局医疗所。1957年，南京市建筑三公司职工医院。次年，南京市城市建设局职工医院。1960年，南京鼓楼医院分院。次年，南京市钟阜医院。1984年，南京市第二传染病医院。1987年，南京市钟阜医院。1993年，挂牌“南京市肿瘤防治院”。

1996年，成为“东南大学医学院附属南京第二医院”。次年，挂牌“南京市老年病医院”，成为三级传染病医院。2000年，成为“东南大学医学院附属南京第二医院”。2009年，成为“三级甲等传染病医院”。同年，成为“东南大学附属第二医院”。2011年，挂牌“江苏省传染病医院”。2016年，挂牌“南京市公共卫生医疗中心”，市公共卫生医疗中心同时挂牌南京市第二医院汤山分院。2018年，成为“南京中医药大学附属南京医院”。2019年，成为“徐州医科大学南京第二临床学院”。同年，挂牌“南京市肿瘤医院”。

2020年12月25日至27日，在落实落细常态化疫情防控措施下，由江苏省医院协会、江苏省医疗质量控制中心、南京市第二医院共同主办的江苏省医院协会传染病医院分会2020年学术年会暨第九届传染科医疗质量控制大会在南京成功召开。全省各地级市传染病医院院长及部分市县医院院长、传染科负责人及院办、医务、护理、财务等相关部门负责人参会。

2023年，南京市第二医院入选江苏省高水平医院重点建设单位。同年1月，南京市第二医院举办2022感染性疾病检验与临床高峰论坛，同时举办生物传感技术在感染性疾病诊断中的应用研究学习班暨南京市医学会检验学会（筹）检验大讲堂第一期。会议线上、线下注册人数达500余人，会议直播间观看最高达6500人次左右。

2024年4月，南京市第二医院正式挂牌“中国标准化肝病全程管理中心江苏分中心”。同年11月，南京市第二医院主办的国家级继续教育学习班《艾滋病防治新进展》顺利召开。本次学习班专家云集，内容覆盖面广，紧跟医学前沿，吸引了江苏省省内外各级医院及疾控部门近200人参会。

南京市第二医院现分为钟阜院区、汤山院区两个院区，开放床位2000张。2023年门急诊量59.58万人次，出院病人6.17万人次。现有在职职工1777人，其中卫技人员1636人，高级职称人员405人，博士71人，硕士444人。有感染性疾病科1个国家临床重点专科，7个江苏省重点学科、专科，1个江苏省示范中医科，10个南京市重点专科，中心实验室1个南京市医学重点实验室，国家中医药管理局重点研究室1个。有享受国务院政府特殊津贴专家7人，江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才19人，江苏省有突出贡献中青年专家和拔尖人才9人，江苏省“六大人才高峰”9人；南京市有突出贡献中青年专家和拔尖人才8人；有南京中医药大学、东南大学、南京大学等高等院校博导、硕导共119人。医院是国家级住院医师规范化培训基地。

钟阜院区地处鼓楼区钟阜路1-1号，占地面积42亩，总建筑面积8万平方米。钟阜院区学科齐全，开设普通外科（含肝胆外科、甲乳外科、胃肠外科）、胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科、整形美容/创伤修复科等外科二级学科，心血管内科、呼吸科、消化科、神经内科、内分泌科、免疫科、皮肤科等内科二级学科，肝病科、肿瘤学、妇产科、中医科、重症医学科、眼科、耳鼻喉科、口腔科等其他临床学科，共40多个临床、医技科室，以精湛的医疗技术提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至安徽、山东省等邻近省份。

汤山院区（挂牌江苏省传染病医院，南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米，开放床位1000张。是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以感染和传染病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，南京市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内科、综合外科、重症医学科、一期临床研究中心等10多个临床、医技科室，竭力为本外地感染和传染病患者服务，并为城东地区百姓提供优质、温馨、舒适、便捷的诊疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。

南京市第二医院的硬件设施有16排螺旋CT、800MA大型DSA、大型全自动多功能酶标仪、大型全自动生化分析仪、核磁共振、后装腔治疗仪、模拟定位机、排螺旋CT、人工肝支持系统、万级手术室。

为应对脑血管病，南京市第二医院神经内科建立了脑血管病院内急救体系，开展脑梗死的动静脉溶栓、脑血管造影、脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血内科规范化诊治等。

南京市第二医院郑以山及其团队设计了人工智能（AI）专用脑电分析芯片，通过对肝性脑病患者脑电分析研究，结合人工智能分析系统，设计出一种三位一体式帽式智能监测预警系统，能够快速、简洁、准确的诊断、评估和预警肝性脑病的发生，为肝性脑病的定性与定量诊治奠定数据基础，也为终末期肝硬化患者肝性脑病的早诊断、早治疗提供良好的基础研究，具有实时、在线、简便、无创、客观优点。

南京市第二医院医院立项纵向科研课题100余项，国家自然科学基金6项，近五年获省、市级科研成果奖20项，发表SCI及核心、统计源期刊以上论文600余篇，编写或参编专著40余部，获专利证书300余项。

南京市第二医院杨永峰教授团队领衔完成的研究成果“IAIH-PG consensus for histological criteria of AIH:Multicentre validation with focus on chronic liver diseases in China” (自身免疫性肝炎新组织学标准国际自免肝病理小组共识：中国多中心慢性肝炎队列验证）在线发表于国际知名肝病学期刊《Liver International》。该研究首次在中国验证了国际自身免疫性肝炎病理小组（IAIH-PG）于2022年提出的自身免疫性肝炎（AIH）组织学诊断标准，标志着南京市第二医院在该领域的研究达到了国际先进水平。

南京市第二医院感染性疾病科发表统计源及以上论文共93篇，其中SCI论文36篇；发表专著、参与指南或共识制定10部；获省、市级医学新技术引进奖6项；主持/参与立项课题11项，其中省部级课题4项，市级课题7项，参与国自然、省自然课题各1项：参与完成十二五重大科技专项延续项目1项;研究者发起的临床研究6项，其中作为组长单位牵头5项，参与1项。参与国际国内多中心药物临床试验项目15项。

南京市第二医院肝病科发表论文近200篇，其中SCl论文50余篇，参与十二五、十三五国家重大科技专项4项，主持国自然课题3项，主持及参与省部级课题多项，获得中华医学科技奖三等奖1项，省科技进步一等奖1项、三等奖1项，省卫健委医学新技术引进奖5项，市医学新技术引进奖、江苏医学科技奖、市青年医学科技奖多项。

南京市第二医院结核病科发表论文89篇，其中SCI论文18篇;参与国家“十二五”’“十三五”传染病重大科技专项课题研究;十三五重大新药创制科技重大专项:抗结核药物新药临床评价研究技术平台建设;参与编写结核病专科著作10部，参与制定结核病学指南和专家共识10部，中国防痨协会团体标准立项2项，省级以上科研项目及人才培养资助项目9项，获江苏省医学新技术引进二等奖1项，发明专利授权3项、软件著作权授权2项，成果转化1项。

2024年1月8日，国家卫健委公布2022年度三级公立医院绩效考核结果：南京市第二医院在其他专科——手术组的考核中首次升入专科最高A等级。

 南京第二医院医学发展医疗救助基金会是由南京市第二医院（南京中医药大学附属南京医院）发起、社会各界人士参与的非公募基金会。2020年6月经南京市民政厅和南京市卫生健康委员会批准成立，该基金会原始注册资金为人民币贰佰万元，均为捐赠者的合法财产，基金会接受捐赠时，开具有公益性捐赠税前扣除资格发票。

南京市第二医院以担当社会责任为己任，积极承担严重急性呼吸综合征、人感染甲型H5N1流感病毒、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、埃博拉出血热、新冠病毒感染等历次突发公共卫生应急事件的医疗救治任务，圆满完成2013年四川雅安地震抗震救灾、2014青年奥林匹克运动会医疗保障等各项应急保障任务，积极参与塞拉利昂、桑给巴尔等非洲地区的国际医学援助活动，对口帮扶安徽、新疆、青海省、西藏自治区等地。

南京市第二医院积极推进医联体建设，牵头江苏省12家传染病医院成立江苏肝健康联盟、传染病专科联盟，筹建全市感染性疾病、肿瘤专科联盟，发挥领头羊作用，引领江苏省传染病医院及相关学科的建设与发展。与六合区、江宁区、栖霞区、鼓楼区多家社区卫生服务中心建立紧密型医联体，下沉优势综合医疗资源，辐射周边地区，造福更多百姓。