高淳汽车客运站坐落于南京市
高淳区淳溪街道北岭路与丹阳
湖北路交汇处，自2004年
中华人民共和国国庆节起开始运营。该站按照国家交通部二级车站的标准建造，占地约3万平方米，配备有面积达1万平方米的候车室。
高淳汽车客运站实现了微机联网售票、检票、调度以及结算功能，并配备了大屏幕电子显示系统和电子监控系统等现代化设备。车站具备每日发送300个班次，容纳7000名旅客的能力。本地居民无需前往市中心，在此即可搭乘通往
江苏省、
浙江省、
上海市以及安徽省等地的客车。
客运站的主要运营线路包括
南京南站、南京葛塘、无锡（
宜兴市）、
苏州市、常州花园、上海（
昆山市）、
扬州市、
南通市、
淮安市、
泰州市、
盐城市、
溧水区、
杭州市、
镇江市（
句容市、天王）、
郎溪县、九华山、
马鞍山市、
芜湖市、江阴、
张家港市、
常熟市、金坛、合肥等。自2022年2月26日起，宁高客运班线进行了优化调整，
高淳区与
双牌石分区域发车，通过高速公路直达南京。优化后，高淳出发的车辆不再经过双牌石配客，而双牌石站成为始发站。车辆采用流水式发班，票价维持不变，行程缩短了15分钟。特别提示乘客，在购买车票时应明确目的地是高淳或双牌石，以避免误乘。此外，高淳至常州花园的班车途经双牌石汽车站、
溧水汽车站配载；高淳至
泰州市、
淮安市、
南通市、
盐城市等城市的班车也均会在此两站停靠并配载乘客。
所有班车均由高淳总站始发，随后进入双牌石汽车站接载乘客（
南京南站、
南京禄口国际机场除外）。最早的班车为南京南站早上5:30出发，最晚的一班则是晚上19:00由南京南站开出。