根据（厦委〔2010〕40号）文件精神，设立厦门港口管理局，为市人民政府工作部门，副厅级。

根据《中共福建省委办公厅、省人民政府办公厅关于印发〈厦门市人民政府机构改革方案〉的通知》（闽委办〔2010〕87号）和《中共厦门市委、厦门市人民政府关于厦门市人民政府机构改革的实施意见》

（一）贯彻国家有关港口、航道和沿海水路运输的法律法规和政策，起草港航地方性法规、规章和政策，制定港口章程，并组织实施。 

（二）负责制定港口、航运发展战略及航运、港口物流发展规划，拟订港口总体规划；负责全港水陆域的分配使用，依法负责使用岸线的管理工作。 

（三）承担全港水运建设市场的监管责任。依法负责全港水运工程建设项目和港区范围内配套工程建设项目设计、招投标、质量、安全及建设的监督管理。 

（四）承担全港港口公共基础设施的建设、维护和管理责任。 

（五）承担全港港口、航运市场的监管责任。负责辖区内属于地方政府管理权限的港口经营和国际海上运输、沿海水路运输行业行政管理，负责沿海、国际航线的备案受理工作；牵头组织协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输和港口作业，会同有关部门做好港口集疏运组织管理工作；指导局直属单位及相关区级涉港运输行政管理部门开展相关业务工作。 

（六）负责进出港船舶靠离泊位的调度安排，会同海事管理机构实施港口内船舶通航管理，指导全港引航工作。 

（七）承担国家港航行政规费征收、代征责任，会同有关部门监督管理港口和水路运输企业经营性收费项目和标准。 

（八）负责港航信息的采集、统计、分析、报送和发布工作。 

（九）负责港口安全生产监督管理和应急处置工作；负责港口危险货物装卸、堆存的监督管理；负责港口设施保安工作；参与港区治安、交通、消防、卫生等管理工作。 

（十）承担港口信息化工作的规划、建设和管理责任；指导港口重大技术改造，组织港口大型机械设备的技术检测；指导港口、航运行业环境保护和节能减排工作。 

（十一）组织、指导、监督全港港口、航道、水运、水运工程质量监督的行政执法工作，依法承担有关行政诉讼应诉职责。 

（十二）组织开展港口物流业发展研究，推动多式联运发展；会同有关部门协调口岸查验单位优化港口通关环境，推动内陆腹地“无水港”建设发展。 

（十三）负责港口对外交流工作，组织开展港口经济技术合作，联系国际港口协会，发展国际友好港口；组织制定对台通航发展规划和方案，指导港航企业发展对台通航具体工作，联系海峡两岸航运交流协会和台湾省相关港航单位。 

（十四）负责联系中国人民解放军驻厦门航务军事代表办事处，组织协调全港战备和军事运输工作，保障各项战备与军事运输任务的完成。 

（十五）承担水路运输行业管理行政职能。

（十六）承担航道管理行政职能。

（十七）承办市委、市政府交办的其他事项。 

根据上述职责，厦门港口管理局设10个内设机构：

（一）办公室（厦门港交通战备与军事运输办公室）

协调局机关和直属单位政务工作，承担局机关内部规章制度建设工作；负责局综合性文稿的起草和重要会议的组织工作；负责上级机关和局决定的有关重大事项办理情况的检查督办工作，以及人大议案、代表建议和政协提案的办复工作；负责局政府信息公开及门户网站建设与维护工作；负责局政务信息、新闻宣传、文书档案、机要保密、机关效能、信访、接待等工作；承担港口战备和军事运输协调管理职能，联系中国人民解放军驻厦门航务军事代表办事处。

（二）厦门港口管理局政策法规与外事对台处

负责港航法律法规和中央对台航运政策的研究；组织拟订港航行业年度立法计划和局依法行政规划；组织拟订港航行业地方性法规、规章、政府规范性文件；负责局制定的规范性文件的审查、报备和解释；负责有关国际公约履约的指导、咨询工作；指导局执法队伍建设，监督局属执法机构开展行政执法工作，负责港航行政违法案件的立案审批；负责港航行政许可、备案项目的合法性审查、监督和协调；承办行政应诉工作；负责联系友好港口、国际港口协会，推动国际航运交流与合作；承办局工作人员因公出国（境）团组、外派国际职员外事手续的报批工作；组织拟订对台通航发展规划，指导辖区内港航企业对台航运谈判；承担海峡两岸航运交流协会和台湾省相关港航单位的日常联系工作以及港航涉台事务的审查报批工作。

（三）厦门港口管理局财务审计处

负责编制局财务预算、基本建设财务计划和港口公共基础设施建设资金使用计划；审核局直属单位财务预决算，检查分析局财务预算和基本建设计划执行情况；负责港航行政规费征收管理和稽查工作；负责局机关会计核算和固定资产管理工作；指导局直属单位财务会计工作，监督局拨资金的使用；按规定负责港航基础设施专项资金的拨付、监督和管理；负责局机关和直属单位财务执行情况的审计调查，承担局直属单位领导人员的任期（离任）经济责任审计工作；拟订局内部财务管理制度，承担局机关和直属单位内部控制制度健全性和有效性以及风险管理的评审工作。

（四）厦门港口管理局综合规划处

拟订全港港航发展战略、中长期发展规划和年度计划并组织实施；负责拟订港口总体规划和各港区规划，经批准后组织实施；参与拟订航道发展规划、港口科技信息化发展规划和港口现代物流业发展规划；参与拟订临港产业布局和发展规划，会同有关部门拟订港口集疏运规划；研究提出港航固定资产投资规模和方向、财政性资金安排建议，提出利用外资和社会资金投资的规划并组织实施；负责组织水运工程基本建设项目的可行性论证、立项行业审查、工程可行性评估，以及政府投资和利用外资的港航基础设施项目的前期工作和后期评价；负责港航设施使用港口岸线的审核、审批和港口水陆域的分配使用。

（五）厦门港口管理局建设管理处

承担全港水运建设市场监管工作；拟订全港年度基本建设计划和港航公共设施维护计划；拟订全港航道发展规划，提出划分航道技术等级方案；承担港口通航水域公共航道、锚地等港口公共基础设施的管理工作，起草和发布航道通告；审核水运工程及其配套设施的新建、改建、扩建，以及港口内临时性建筑物或构筑物的建设；审核可能影响港口水文条件变化的工程项目；审批港口内采掘、爆破工程和占用航道施工及修建或拆除与通航有关设施的活动；组织或参与港航工程项目的招投标和验收工作；负责水运工程建设项目设计、施工质量和工程监理等建设市场管理；指导航道管理机构、水运工程质量安全监督机构业务工作；负责港航固定资产投资统计和水运工程建设项目的档案资料管理。

（六）厦门港口管理局港航管理处

承担全港港口、航运市场监管工作，指导落实港口和航运行业政策法规、技术标准和运营规范；依法实施港航市场准入制度，核发港航经营许可证件；拟订全港指导性生产计划和船舶靠离泊计划，协调港口引航工作；承担全港生产快速统计和经济运行综合统计分析工作；发布港航经济运行信息，指导港航生产计划的落实；会同有关部门监督管理港航企业经营性收费项目和标准；指导下属港口、水路运输管理机构和相关区级交通运输行政管理部门航运行政工作，指导港务管理机构港口行政工作；承担港口防台防汛及其他灾害性事故抢险救助的指挥工作；组织协调国家重点物资和紧急、特种物资的水路运输和港口作业，指挥港口集疏运工作。

（七）厦门港口管理局安全监督与科技信息化处

承担港口安全生产监督管理和应急处置工作，拟订港口突发事件应急预案、危险货物事故应急预案、重大安全生产事故旅客紧急疏散和救援预案以及预防自然灾害预案，指导港航企业建立港口应急救援体系并定期组织演练；负责全港安全生产监督检查，指导局直属单位和相关企业开展重点码头、在建工程和航运企业的安全巡查，参与调查处理港口安全生产事故；承办港口危险货物作业场所和卫生除害专用处理场所审批；承办港口危险货物装卸、过驳审批；承担危险货物港口作业资质以及危险化学品水路运输单位、装卸管理人员、押运人员资质认定工作；组织实施港口设施保安工作；会同有关部门组织港口特种作业人员持证上岗培训和考核；承担港航大型设备的统计工作；指导港航行业综合治理和平安建设工作；拟订港口科技信息化发展规划；指导全港通信信息网络联网工作；组织、指导港航重大科技和信息化项目研究、交流、推广及成果申报；指导港航行业环境保护、节能减排、技术改造和自主创新；会同有关部门管理港区交通、消防、卫生等工作。

（八）厦门港口管理局港口物流处

拟订港口现代物流业发展规划和年度计划；协调港口水运与公路、铁路、航空、管道运输的衔接；承担市推动拓展港口腹地工作小组办公室的具体工作，参与拟订港口腹地规划，协调内陆腹地“无水港”开发建设、配套铁路班列运输等相关工作；组织、指导港口对腹地的推介活动，开展港口项目招商引资工作；收集和分析发展港口现代物流业综合信息，组织开展重大港口物流课题调研，推动重大港口物流项目的实施；承担厦门港口岸联席会议办公室的具体工作，联系海关、国检、边检、海事等口岸查验单位，优化港口通关环境；承担港航系统各类学会、协会等社团的管理工作。

（九）厦门港口管理局组织人事处

负责局直属单位领导班子建设和干部队伍建设；负责局机关工作人员思想政治教育，指导局直属单位开展思想政治工作；负责港航系统干部人事工作的宏观管理和指导，归口管理和协调专业技术职称评聘、人才交流、智力引进工作；负责局机关和直属单位机构编制、人事、劳动工资、社会保障和干部职工教育培训工作；按照干部管理权限管理干部人事档案，负责办理局工作人员因公、因私出国（境）政审等工作。

（十）厦门港口管理局离退休干部工作处

负责局离退休干部待遇审核办理及其安置工作；组织离退休干部开展相关活动；负责离退休干部的服务、管理工作；指导、检查、督促局直属单位离退休干部政策的落实和遗留问题的协调处理。

（十一）机关党委

负责局机关和直属单位的党群工作。

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受群众监督。

2023年8月4日，中远海运集运、中远海运港口与厦门建发集团有限公司、国贸、厦门象屿集团有限公司三大国企及厦门港口管理局、福建省港口集团签署战略合作协议。