文部科学省（Ministry of Education, Culture,Sports,Science and Technology，英文简称MEXT），前身为文部省，是日本中央政府行政机关之一，负责统筹日本国内教育、科学技术、学术、文化、及体育等事务，2001年1月6日起由原文部省及科学技术厅合并而成。文部科学省的首长称为文部科学大臣，是日本内阁成员，多数由国会议员担任。

为了完成《文部科学省设置法》第3条所规定的目标，文部科学省负责促进国家的教育、科学技术、学术、文化以及非残疾人体育运动（残疾人体育运动由厚生劳动省管辖）的发展和振兴。

2001年（平成13年）1月6日，随着中央省厅再编，负责学术・教育・学校等事务的原文部省与负责促进科学技术行政的原总理府分支机构的原科学技术厅合并为新的文部科学省。

该省办公地点在东京中央合同厅舍第7号馆东馆（2004年（平成16年）1月至2008年（平成20年）1月期间，因办公楼重建，临时迁至丸之内的原三菱重工大楼办公。目前该大楼是瑞穗金融集团总部）。

• 明治4年7月18日（1871年9月2日）：文部省设立。

• 1950年（昭和25年）8月29日：作为文部省外局之一，文化财保护委员会设立。

• 1956年（昭和31年）5月19日：科学技术厅设立。

• 1968年（昭和43年）6月15日：文化财保护委员会撤销，设立文部省外局的文化厅。

• 2001年（平成13年）1月6日：随着中央省厅再编，文部省与科学技术厅合并成文部科学省。

文部科学省的内部组织机构由法律层面的《文部科学省设置法》和政令层面的《文部科学省组织令》以及省令层面的《文部科学省组织规则》等多个层次的法律规定予以规范。

• 大臣官房（政令第2条第1项） -人事课（政令第16条第1项），总务课，会计课，政策课，国际课，文教设施规划部（政令第2条第2项）

• 文教设施规划部-设施规划课（政令第16条第2项），设施助成课，计划课，参事官

• 终身学习政策局-政策课（政令第26条），调查规划课，终身学习推进课，社会教育课，男女共同参与学习课，参事官

• 初等中等教育局-初等中等教育规划课（政令第33条），财务课，教育课程课，儿童学生课，幼儿教育课，特别支援教育课，国际教育课，教科书课，教职员课，参事官

• 高等教育局-高等教育规划课（政令第44条第1项），大学振兴课，专门教育课，医学教育课，学生、留学生课，国立大学法人支援课，私学部（政令第2条第2项）

• 私学部-私学行政课（政令第44条第2项），私学助成课，参事官

• 科学技术、学术政策局-政策课（政令第54条），规划评价课，人材政策课，研究开发基础课，产业连动、地域支援课，计划官，国际交流官

• 研究中华人民共和国国家乡村振兴局振兴规划课（政令第61条），基础研究振兴课，学术机关课，学术研究助成课，生命科学课

• 研究开发局-开发规划课（政令第70条），地震、防灾研究课，海洋地球课，环境能源课，宇宙开发利用课，核能课，参事官（2人）

• 体育、青少年局–体育、青少年规划课（政令第78条），体育振兴课，竞技体育课，学校健康教育课，青少年课，参事官（2人）

• 国际总括官

• 科学技术・学术审议会（法律第6条第1项）

•宇宙开发委员会

• 国立大学法人评价委员会（国立大学法人法、法律第6条第2项）

• 放射线审议会（关于放射线伤害预防的技术标准的法律、法律第6条第2项）

• 独立行政法人评价委员会（独立行政法人通则法、法律第6条第2项）

• 中央教育审议会（政令第85条）

•教科书审查调查审议会

• 大学设置・学校法人审议会

• 国立教育政策研究所（政令第89条第1项）

• 科学技术政策研究所（政令第89条第2项）

• 日本学士院（法律第21条第1项）

• 地震调查研究推进本部（地震防灾对策特别措施法、法律第21条第2项）

• 日本教科文组织国内委员会（关于联合国教科文组织活动的法律、法律第21条第2项）

文部科学省的地方支分部局只限于原子能事务所，仅有水户原子能事务所一处。文科省并没有其他省厅的“○○地方～局”的各地分支机构。之前在各地为了支付大学和地方教育委员会的设施等补助金而设立的“○○地方工程事务所”也随着国立大学法人化而撤销。其理由在于补助金支付的事务由总部可以完成，地区的教育行政完全由地方教育委员会负责。

• 水户核能事务所（政令第92条第1项）

• 文化厅（国家行政组织法、法律第26条）-长官官房（政令第94条）、文化部、文化财部、文化审议会（法律第29条第1项）、宗教法人审议会（法律第29条第2项）、日本艺术院（法律第32条）

以上资料来源：

2012年4月1日，日本教育主管的独立行政法人包括：国立特别支援教育综合研究所、大学入学考试中心、国立青少年教育振兴机构、国立女性教育会馆、国立科学博物馆、物质材料研究机构、防灾科学技术研究所、放射线医学综合研究所、国立美术馆、国立文化财机构、教员研修中心、科学技术振兴机构、日本学术振兴会、物理化学学研究所、宇宙航空研究开发机构、日本体育振兴中心、日本艺术文化振兴会、日本学生支援机构、海洋研究开发机构、国立高等专业学校机构、大学评价・学位授与机构、国立大学财务・经营中心以及日本原子能研究开发机构、量子科学技术研究开发机构等共计24个法人。此外，文科省还主管全国86个国立大学法人以及人类文化研究机构、自然科学研究机构、高能加速器研究机构以及信息・系统研究机构等4个大学共同利用机关法人。

2012年7月1日，该省主管的特殊法人包括：日本私立学校振兴・共济事业团以及放送大学学园等2家法人。其中，放送大学学园是与总务省共管的。

上述机构在2008年12月1日的新公益法人制度施行后，全部变更为特例民法法人。

2012年度（平成24年度）的普通会计期初预算为5兆4127亿5300万日元。按照内部组织划分，文部科学省本部预算为5兆3045亿200万日元（约占98%），文部科学省本部所辖机关预算为50亿5000万日元，文化厅预算为1032亿日元。本部预算中，义务教育费国库负担费为1兆5575亿2800万日元（在本部预算中占比为29.4%）以及国立大学法人运营费为1兆1366亿1200万日元（21.4%）。本部所辖机关指国立教育政策研究所、科学技术政策研究所、日本学士院等。

2011年1月15日，普通在职人数为2247人（其中女职员为447人）。其中，本部有2002人（女性：388人）、文化厅有245人（女性：59人）。行政机关职员定额令规定的文部科学省定额为2204人（包含一名特别职务）。根据文部科学省定员规则规定，文部科学省本省的人数为1968人、文化厅则为236人。

文部科学省职员为普通的国家公务员，因此根据《国家中华人民共和国公务员法》规定，不享有劳动基本权中的争议权和集体协商缔结权。但是团结权仍得到保障，职员有权组成国家中华人民共和国公务员法规定的“职员团体”，也有权不加入（国公法第108条之2第3项）。2011年3月31日的时点，尚无在人事院登记备案的职员团体。 2005年度以后，参加职员组织的人数比例百分比仍维持在个位数，到了2011年后完全降为0。之前曾有参加日本国家公务员劳动组合联合会的文部省职员劳动工会，但在2011年3月31日已解散。