肖君庙为乡域西部边界村，地处日坛东北偏北6.2公里，距乡政府驻地西南偏西1.4公里；东北邻酒仙桥村，西靠东坝河村，南临安家楼，北隔坝河与东赵家村相望；村域面积0.3平方公里，其中聚落面积0.02平方公里；其他用地320亩。

肖君庙村内原有辽代修建的萧太后行宫，后称肖君庙，村以庙得名，沿用至今，原南邻的李官庄于1986年并入该村。肖君庙地势南高北低，海拔34.9~37.1米，聚落海拔36米；土壤以褐潮土为主，耕层土质肥力中等；灞河自西向东流经村北部；村西北600米有首都机场路和京顺公路；村东有一条纵向沥青路，南通市往安家楼；村西南有霄云路，村中一条横向道路与该路相通。