持明院统是指镰仓时代后期至日本南北朝时代的后深草天皇系统，即第88代后嵯峨天皇之子与第89代后深草天皇的子孙。后嵯峨天皇禅位给后深草天皇后又反悔，立其另一爱子为龟山天皇，导致后深草天皇的子孙被称为持明院统，而山天皇的后裔则称为大觉寺统。在镰仓师爷的调停下，两统决定轮流即位，即所谓的两统迭立。这一安排最终导致了日本南北朝的分裂。今日本皇室来自于持明院统。

后深草天皇（89代）

伏见天皇（92代）

后伏见天皇（93代）

花园天皇（95代）

光严天皇（北朝1代）

光明天皇（北朝2代）

崇光天皇（北朝3代）

后光严天皇（北朝4代）

后圆融天皇（北朝5代）

后小松天皇（北朝6代・100代）

称光天皇（101代）

在北朝的后小松天皇时期，足利义满迫使南梁的后亀山天皇退位并交出三神器，实现了南北朝的统一。根据两统迭立的原则，继任者应当是大觉寺统的子孙，但小松天皇违背了这一约定，让自己的儿子实仁亲王即位为称光天皇，并宣布两统迭立的结束。