其父吴仁肇曾获直方
员外郎封赠，不幸早逝。吴辅在父母双亡后由兄长
吴仲已抚养，就读私塾。他从小勤奋攻读，成绩优异，顺利通过乡试、郡试，
天圣八年(1030)登
进士。出任韶州
仁化县(今
广东省北部)
主簿，旋任福建闽县(今
福州市)
县尉，均有政绩。后调任
道县(今
湖南省道县和
宁远县一部分)
推官。时值土著居民啸聚闹事，传闻将前来攻城，一时人心惶惶。同僚十分惊恐，提出拆毁城桥，凭借险要据守。吴辅认为，桥南住着众多百姓，不能采取拆桥牺牲百姓利益而保全自己的举动。众官兵和百姓很受感动，既安定了民心，又增强了守城者信心。那些啸聚闹事的土著居民闻讯后也未敢前来犯境。防御时邻郡百姓捐献财物，吴辅一一列入清册，公布于众，毫厘不取，主办官员无从渔利。鉴同大人赏识吴辅才能，特将邻县疑难积案交他办理。吴辅在
耒阳市(今
湖南省东南部)、
醴陵市(今湖南省东部)二县任邑篆时，广施仁政，为民办实事。离任回乡之际，众多百姓联名上书再三挽留，为他饯行。
不久，吴辅又出任著作郎(主管修日历)。后任
临川区(今
江西省东北部)知县，处理政务时与上司旨意分歧，贬到
台州市(今
浙江省临海县)任酒务(掌管税收事务)。后又被起用，任
南城县(今江西省东部)县令。不久，改太掌博士，赴任洪州(今江西省
南昌市)监仓。
吴辅为官廉政刚直，对官商不分的做法犹为痛恨，并身体力行，做出表率。他自
醴陵市离任回归时，行李极少。途经
洞庭湖，船老大建议去办一批货物来，装在船上，既能压舱镇住风浪，又能出售赚钱，可谓一举两得。吴辅回答说：既为官又经商，这怎么能行呢？于是以数百捆烧火柴压舱，顺利渡过洞庭湖。
吴辅生平以道德教化为己任，与人落落不苟合。任职
台州市酒务时，曾在税建一室，命名怡轩，并以“怡轩”作为自己的字号。他有诗文数百篇，辑为《怡轩诗文集》。
杨时为其作序，称“有高人逸士之志气，故其流风余韵犹足以遣其子孙而化乡人”。
吴辅治家教子有方，子孙均有名望。次子吴仪学问渊博，模范端严，不喜仕官之途，隐居于城东藏春峡(今南平市精神病院址)。吴仪与杨时、陈璀、
黄裳等名流交游甚厚，
罗从彦一度在他门下求学。吴辅第四子吴君称乡试第一名(解元)，
熙宁三年(1070)举
进士，荫补
兴化市(今
莆田市)知录，历
知州郡，颇负盛名。朝廷念吴辅教子有方，加封其为
中散大夫。
吴辅65岁时以屯田
员外郎卸任归家，在乡里不时召集名流学士讲论交游。80岁病逝，与妻邓十娘同葬于家乡罗山寺前。