孢子囊是植物产生孢子的细胞或器官。某些植物（如卷柏）有大孢子囊和小孢子囊之别。大孢子囊所产生的大孢子，大而量少，由大孢子发育成雌配子体；小孢子囊所产生的小孢子，则小而量多，由小孢子发育成雄配子体。

小孢子囊

是花朵雄蕊上被称做花药，以及雄果小孢子叶上产生花粉的部份。

大孢子囊

是此类植物相对的“雌性”部份，分别为花朵的心皮及大孢子囊毬果。

在蕨类植物门上，成熟的植物是孢子体，并会在所以或只有某些叶子（称之为孢子叶）上产生带有有性孢子的孢子囊。这此孢子会在叶子的下端。

在苔藓植物上，其孢子囊则是长在细茎上，并如蕨类植物一般会产生有性孢子。此一孢子体（双倍体）的孢子囊是从卵受精卵后的配子体（单倍体）颈卵器长成出来的。孢子囊起初会有一些叶绿素，但之后便会转变为棕色，并改由依靠配子体提供其养分。孢子囊会从茎部基部，依附着颈卵器组织的地方吸收养分。因其发育的不同，孢子囊在维管植物中可分成'厚孢子囊和薄孢子囊两种。薄孢子囊只出现在蕨类植物门中，一开始只有一个细胞，并由此细胞发展成茎、壁和孢子囊内的孢子。每个薄孢子囊内有64个左右的孢子。厚孢子囊出现在所有的其他维管植物和一些原始蕨类中，一开始是一层细胞（多于一个细胞）。厚孢子囊较大（因此有较多孢子），且有多层的壁。虽然这些壁可能会伸展及损伤，导致最后只剩一层壁还残留着。

一群孢子囊可能在发展中聚合在一起，称之为聚合囊。此一结构在松叶蕨属和如天星蕨属、单蕨属及合囊蕨属等合囊蕨科中是很显著的特征。