日俄战争前夕，1899年接受日本军参谋本部的派遣，潜伏于俄国西伯利亚及中国东北地区，并以
哈尔滨市为中心建立了情报网从事谍报活动。当时作为刚刚离职的日本陆军
大尉，只身来
俄罗斯自费留学的，实际上是肩负着侦察俄国图谋侵略
远东计划的任务。他在
布拉戈维申斯克潜伏了将近一年，并亲眼目睹了1900年7月16日，沙俄无辜屠杀中国数千人的"海兰泡"大惨案。同年来到哈尔滨，以菊地正三化名在哈尔滨开设一菊地照相馆，以此为据点进行间谍活动，曾以留学生、和尚、摄影师、商人等身份在
俄罗斯远东地区进行侦察活动。石光真清去世后，其长子石光真人根据父亲的日记整理编成《谍报记》一书，于1942年由满洲新闻出版社出版。