焉耆府的历史始于光绪二十四年（1898年），当时由喀喇沙尔直隶厅升级而成。最初，焉耆府管辖的新平县后来更名为尉犁县，以及卡克里克县丞和布古尔分防巡检。到了宣统元年（1909年），焉耆府的辖区扩大至包括新平、婼羌、轮台县三县。然而，在民国二年（1913年）四月，随着行政区划的调整，焉耆府被改制为焉耆回族自治县。

- 光绪二十四年（1898年），升喀喇沙尔直隶厅为焉耆府，下辖新平彝族傣族自治县（后更名尉犁）、卡克里克县丞和布古尔分防巡检。

- 宣统元年（1909年），焉耆府下辖新平、婼羌、轮台三县。

- 民国二年（1913年）四月，焉耆府改制为焉耆县。

焉耆府位于现今新疆维吾尔自治区境内，具体地理位置对应于今天的焉耆回族自治县。