宁古塔副都统辖区是清代吉林将军辖区下的二级政区，副都统驻宁古塔城。宁古塔在满语中意为“六居址”，指当时宁古塔地面上的六个大部落。宁古塔城是东北地区的重镇。1653年（清顺治十年），宁古塔设立昂邦章京，驻宁古塔旧城，下设梅勒章京2员及协领、佐领等官员，主管地方军政事务。

宁古塔城向为东北重镇。1653年（清顺治十年），于宁古塔设置昂邦章京，驻宁古塔旧城，下设梅勒章京2员及协领、佐领等官员，主管地方军政事务。1662年（清康熙元年），宁古塔昂邦章京改称“镇守宁古塔等处地方将军”。1666年（清康熙五年），因旧城常遭水患和为抗击俄罗斯帝国用兵需要，将军巴海和副都统海塔、满邳率官兵在觉罗城西南5里处（今宁安市宁安镇）修筑新城。新城竣工，宁古塔将军衙门及副都统从旧城移至宁古塔新城。1676年（清康熙十五年），宁古塔将军衙门移驻吉林市城，留协领萨布素镇守宁古塔城。1678年（清康熙十七年），萨布素升任宁古塔副都统，宁古塔正式设置副都统衙门。1727年1月（清雍正四年十二月），于宁古塔设置泰宁县，隶奉天府，专理汉族民事，与专理满族旗务的副都统同城治事。1729年5月（清雍正七年四月），撤销泰宁县。

宁古塔副都统辖区范围，最初东到日本海，西至张广才岭，北抵外兴安岭，南达图们江。以后随着黑龙江将军辖区的设置和三姓、珲春副都统的设置，以及沙俄的侵占，宁古塔副都统辖区逐渐缩小，1881年（清光绪七年）以后，管辖范围仅为今牡丹江市和鸡西市所属地区。 1903年（清光绪二十九年）初，于宁古塔副都统辖区内三岔口（今东宁市三岔口镇）正式设置绥芬厅。1908年（清光绪三十四年），于辖区内再添设密山府。1909年（清宣统元年），将绥芬厅升改绥芬府，移驻宁古塔城，同时于三岔口原绥芬厅址设置东宁厅，并添设穆棱市和呢吗厅（今虎林市）。同年6月2日（农历四月十五日），裁撤宁古塔副都统。