别所长治（1558年9月30日—1580年2月2日），日本战国时期播磨的大名，别所安治之子，通称小三郎。

他在父亲安治病死后，以叔父吉亲和重宗为后见役，年轻时就继任家督。在织田信长压制中国地方的毛利氏时，长治市与其呼应并担任先锋，但后因对成为中国方面总司令官的羽柴秀吉不满，转而与丹波国的波多野秀治结盟，反抗信长。

别所长治以死守三木城的方式与丰臣秀吉应战，在毛利辉元与荒木村重的支持与支援下，一度击退织田信长的军队；但是在丰臣秀吉彻底切断三木城的粮食与水源供应，以及神吉城与志方城的失守之下，毛利辉元的援军也被击退；最终在三木城被围两年后，为了保住士兵的生命，他与妻子和兄弟一同自杀。

长治市本来打算与織田氏结盟，但在得知他不尊重的出身低微的羽柴秀吉成为了领袖后，他感到愤慨，转而与丹波国的山秀治结盟。长治市在三木城站稳脚跟，这导致他被織田氏的部队围攻，开始了三木城之战。围攻并不顺利，加上荒木村重的叛乱和毛利氏的帮助，长治成功地击退了織田氏的军队。但在1579年，羽柴秀吉回来了，这一次他不是直接进攻，而是对小城堡如上吉城和志方城进行多次围攻，以切断毛利氏的支援。这导致食物迅速减少，到了1580年，由于没有希望得到毛利氏的援助，长治市为了保住三木城的士兵的生命而切腹自杀。

别所长治死后，部分系图记载，别所重宗的嫡子吉治（后来的八木藩藩主）是长治的儿子，在城池陷落之际逃出。此外，三木城城迹的上之丸公园中有辞世的歌碑，以及近年当地的国际狮子会寄赠的长治市骑马武者石像。

别所长治的墓所位于三木市上之丸町的云龙寺，每年的1月17日（长治的死忌）都会有法事。他的灵庙位于三木市别所町东这田的法界寺，每年的4月17日有追悼法事，会举行讲解当时合战情况的“三木合战绘解”。此外，每年5月5日会有记念长治的“别所公春祭”，在辞世句的歌碑前举行歌碑祭，并有“武者行列”等的活动。

别所长治在多部小说中有所登场，包括玉冈かおる的‘虹、つどうべし－别所一族ご无念御留’，司马辽太郎的‘贺の舟铁炮’，野中信二的‘武门の意地’，中路启太的‘里切り凉山’，津本阳的‘一矢参らすべし’，以及羽山信树的‘今はただ恨みもあらず－别所长治’等。

对别所长治的评价：三木城主别所长治性格清廉、人格高洁，人虽年轻，却备受家臣及播州区一带地方武士们的拥护和爱戴，城内充满为别所不惜牺牲之精神。（司马辽太郎《丰臣秀吉》）