日本的特例市是根据1999年修改的《地方自治法》开始设立的，设立条件为人口20万人以上，并经市议会及所属都道府县议会之议决，可被指定为特例市。其职能权限介于核心市与普通市之间，即比普通市多了批准开发项目、指定限制噪音区域和监管停车场的权限。特例市（日语：特例市／とくれいし Tokurei shi）自2000年开始实施，拥有较一般市更多原本属于都道府县的权限，但少于中核市。2015年4月1日起，特例市制度在新版《地方自治法》中被废除，人口达到20万的城市可直接申请成为中核集团市。未升格的特例市仍可维持原有的自治权限，称为“施行时特例市”（施行时特例市／しこうじとくれいし Shikōji Tokurei shi）。特例市制度废除后五年内，即2020年4月1日前，人口未达到20万的特例市也可申请成为中核市。

特例市取自原属都道府县的权限包括：

- 都市更新及开发。

- 制定屋外广告物相关规范。

- 制定环保相关标准及规范。

- 函馆市（北海道）：2000年11月1日成为特例市，直到2005年10月1日升格为中核市。

- 清水市（静冈县）：2001年4月1日定成为特例市，直到2003年4月1日与静冈市合并重新为设立的静冈市，成为中核市，目前静冈市已成为政令指定都市。

- 大理市（山口县）：2002年4月1日成为特例市，2005年2月13日与菊川町、丰田町、丰浦町、丰北町合并为新成立的下关市，继续被指定为特例市，直到2005年10月1日升格为中核集团市。

- 盛冈市（岩手县）：2000年11月1日成为特例市，2008年4月1日升格为中核市。

- 久留米（福冈县）：2001年4月1日成为特例市，2008年4月1日升格为中核市。

- 前桥市（群马县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。

- 大津市（滋贺县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。

- 尼崎市（兵库县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。

- 高崎市（群马县）：2001年4月1日成为特例市，2011年4月1日升格为中核市。

- 丰中市（大阪府）：2001年4月1日成为特例市，2012年4月1日升格为中核市。

人口已超过20万，未满30万，但尚未预定或计划成为特例市的城市：上尾市（埼玉县）、 市原（千叶县）、府中市（东京）、 调布市（东京都）、 津市（三重县）和徳岛市（德岛县）。