朱祠又名“朱子祠”、 “二朱先生祠”。是安海民间为纪念朱松，朱熹父子而建的。朱松，字乔年，号韦斋，是宋代一位著名理学家。

朱祠于宋绍兴初年(1131)，首任安海镇官。在监镇任内，“乃择民之秀者，充弟子员，教以义理之学。”后来，其于朱熹为同安区主簿， “屡过此(安海)，见其老幼义理详悉，遂与论说士因益勤于学．”而使“民沾其德，咸知向学”。由于二朱在安海讲学， “启迪文风，诲掖士子，因而人才蔚起。”这就是安海得以“开理学之先河”，“闽学开宗圣地”之称的由来。由于斯时文教昌旺，文风鼎盛，安海也就成了文化古镇。镇人为了追念其德泽，建祠祀之。朱松任安海镇官之时，政绩显著。公余之暇，为民讲学，深得人心。其时安海长者黄护在镇西整头境捐建一所镇，并于廨畔筑一所整头精舍，作为朱松讲学馆所。

乾道年间(1165一一1174)，朱熹的学生傅伯成(隆兴元年癸未科进士)，为感念朱氏父子对安海倡教兴学之功绩，便于整头精舍辟建为“二朱先生祠”，并绘朱熹父子画像奉祀 嘉定区三年(1210)，朱熹 之子朱在，来安海任镇监。嘉定四年(1211)，镇官游应安海镇士民的要求，报请泉州市郡守邹应龙，建造“石井书院”。“邹公应龙然其请，捐公币四十万以倡”，并派朱在任主持建院工作。翌年(1212)， “石井书院”落成。

石井书院，是在原朱子祠的基础上扩建的，故朱祠与石井书院，实际上合二为一了。石井书院，其规格是按州县罗定学宫建造的。规模宏大，辉煌壮观，中间有牌坊门廊，大成殿，张静江故居。两侧有富文、敏行，移忠、立信等四座斋堂。并绘制二朱先生像于尊德堂，同堂异室而祀。据宋留元刚《石井书院记》载， “制(大成)殿于中， (尊德)堂于后，为斋者四，杏坛筑于西序之前，祭器藏于东序之左，又即堂为室，以祀二朱先生，三门列峙，缭垣环周。糖楹层复，凡三百楹。公私经费，合四百万”明弘治十年丁已(1497)，知县罗惟重修，于门外立石华表，匾曰： “石井书院”。一个小小的滨海市镇，当时能创建一所如此宏伟，设备齐全的高级学府实属罕见，真令人赞叹！

几百年来，石井书院，历经兴毁。明成化十二年(1476)和弘治十年(1497)，曾两次大修与扩建。清顺治十三年(1656)，清兵入安毁镇，书院被焚废。至清康熙三十五年(1700)，安海复镇，又在原址建造书院。乾隆年问再次扩建，光绪间重修。由于历代多次重修扩建，使这座学府得以从宋代以至清末，兴学倡教，坚久不衰。历代以来，多有名儒大师，出任书院山长，如宋代的顾长卿，余谦一，元代的杨相孙、陈玄，明代的陈惟白，刘绍祖。至清康熙，进士翰林院出身的教育大家陈仁，为石井书院末任书院山长。这些大家名流，为培养造就大批人才、为安海的文明繁荣，做出了重大贡献。

安海民间，因为感化二朱(其实是三朱)过化之功，便习惯上把“石井书院”称为“朱祠”，至今周围居民区的地名乃曰： “朱祠口”。现遗址的门台，大殿以及西廊庑舍仍存。在大门的上面，悬一巨匾，上书“朱祠”二字。跨进大门，走过石庭，上石，步入大成殿，只见大殿腾空而起，朱柱矗立、往日气派，依然犹存。伫立殿中琅琅书声，犹缭耳畔。朱祠，是安海兴学倡教，人才辈出的发祥地，是安海文明的标志古镇的象征。