长治市二年（1105），藤原清衡兴中尊寺，首建最初院，其後，相继造立大长寿院、金堂县、三重塔、经藏、金色堂等。此中，金色堂系清衡为自身所建的葬堂，安置有藤原三代的肉身像，闻名遐迩。

金色堂是唯一一座将中尊寺创建之初的样貌传承至今的建筑物，于天治元年（1124年）上梁。这是一座堂内外都贴有金箔的“皆金色”阿弥陀堂（拆卸修理时，在屋顶部分没有发现金箔的痕迹，因此暂未填补金箔）

最吸引人们目光的是堂内的装饰。4根卷柱、须弥坛（佛坛）乃至长押（柱间横木）上，都装饰有亮白色的夜光蝾螺工艺（螺钿）、镂空的金属件以及漆制泥金画，汇聚了平安时代后期的工艺技术，庄严而美丽，令人感觉整座佛堂宛如一件美术工艺品。

佛像包括须弥坛上的主佛阿弥陀如来，其前方的观音菩萨（正面看去的右边）和势至菩萨（正面看去的左边），左右各有3尊地藏菩萨排成1列，最前列还有持国天（正面看去的右边）和增长天（正面看去的左边）以破邪的形态守护着这个佛界。这种佛像结构是金色堂独一无二，十分珍贵。

设计有孔雀图案的中央的须弥坛内安置了奥州藤原氏初代清衡的遗体，正面看去的左侧坛内安置着第二代基衡的遗体，右侧坛内安置着第三代秀衡的遗体及第四代泰衡的首级。能够保存血缘关系清晰明了的亲子四代遗体，这在世界上也是独一无二的。

作为国宝建筑物第1号的金色堂，是中尊寺乃至奥州藤原文化的象征。平成23年（2011年），包括中尊寺在内的“平泉文化遗产”被登录为了世界文化遗产。