巴塞尔市州（Kanton Basel）位于瑞士北部，首府及最大城市为巴塞尔，是瑞士最富裕的地区之一。该州存在于1501年至1833年之间，后来因为内部冲突被分割成两个半州：巴塞尔城市半州和巴塞尔乡村半州。

巴塞尔在宗教改革之前由亲王主教统治，这段历史在巴塞尔州徽上的牧杖中得到了体现。15世纪后期，随着巴塞尔会议的召开，巴塞尔城市的财富和重要性日益增长。巴塞尔大学成立于1459年，使得城市在宗教改革前夕成为德国文艺复兴的知识中心。1495年，巴塞尔市被纳入上莱茵帝国圈，主教在教会诸侯的席位上就座。

巴塞尔州作为施瓦本战争的直接后果，根据1499年的巴塞尔条约，于1501年加入瑞士联邦，成为联邦的第11个州。巴塞尔州从亲王主教区分离出来，从此时起，巴塞尔主教的世俗统治仅限于巴塞尔以西的领土，大致相当于现在的汝拉州。尽管巴塞尔主教不再对巴塞尔城市拥有世俗权力，他们继续在城市居住直到宗教改革。

宗教改革由约翰内斯·奥科拉姆帕迪乌斯带到巴塞尔市，他是伊拉斯谟希腊新约圣经首版的合编者。1529年，巴塞尔城市在奥科拉姆帕迪乌斯的领导下成为新教徒，主教的席位被迁至波伦特鲁伊。1530年，劳芬塔尔反抗主教，但被索洛图恩的部队镇压。由于破产，亲王主教区越来越依赖巴塞尔城市，城市在1542年、1544年和1545年向他抵押了比尔塞克城堡。1547年，主教正式同意允许城市选择自己的宗教，承认城市已经成为新教。

1792年，拉劳拉西安成立，持续了几个月到次年，之后被恢复的巴塞尔州成为赫尔维蒂的一部分。直到1830年，巴塞尔市是一个统一的州，但乡村地区的公民对城市越来越不信任。1830年10月18日，乡村地区的公民要求在议会中按照他们的人数比例获得代表。当城市拒绝这一要求时，乡村地区的不满情绪进一步加剧。

1833年8月17日，联邦议会被请求分割巴塞尔州；九天后，分割成两个半州的决定生效。从乡村市镇中，只有里恩、贝廷根和菲利克斯·克莱因许宁根分配给新的巴塞尔城市半州。其余市镇组成了新的巴塞尔乡村州。1999年修订的宪法首次承认这两个前半州为“州”。

尽管曾多次尝试重新统一巴塞尔市城市和巴塞尔乡村，但1969年巴塞尔乡村的公民在公投中否决了这一动议。此后，两个州签订了许多合作协议，如共同资助和管理巴塞尔大学。