八路军山东清河军区在1942年2月，根据上级指示，山东纵队第三旅编为八路军山东清河军区，原八路军清河军区撤销，山东纵队第三旅番号仍保留（1943年3月撤销），杨国夫任司令员，景晓村兼任政委。

1942年3月，以原八路军山东纵队第3旅为基础成立清河军区，第3旅机关改为清河军区机关。杨国夫任司令员，景晓村任政委，刘其人任副政委，袁也烈任参谋长，徐斌洲任政治部主任。下辖：以寿光市、潍县、昌邑市、广饶县等县为第1(清东)军分区，赵寄舟任司令员，岳拙元任政委;以邹平、长山镇、齐东、青城、高苑等县为第2(清西)军分区，许云轩任司令员，李曼村任政委;以张店、恒台、博兴、临淄等县为第3(清中)军分区，马千里任司令员，王效禹任政委;同时，将原第3旅所属第7团改为军区直属团，郑大林任团长，孙正任政委;将原第8、9团分别与第1、2军分区合并，改为清东、清西独立团，由第1军分区兼清东独立团，第2军分区兼清西独立团;轻重独立团由当地武装组成，团机关由第3军分区兼。

1942年7月，清河军区以清东独立团第1连、潍县大队、昌邑独立营为基础，组建昌潍独立团。

1942年8月，清河军区划归八路军山东军区建制。同月，清河军区根据山东军区指示，又以垦利区、利津县、滨城区、蒲台县、沾化区等县组成第4(垦区)军分区，程绪润任司令员，张缉光任政委。同时，以地方武装组成垦区独立团，团机关由第4军分区兼。

1942年12月，昌潍独立团与清东独立团合并，仍称清东独立团。

1944年1月，清河军区与冀鲁边军区合并，成立渤海军区。原清河军区第4(垦区)、1(清东)、2(清西)军分区依次改称为渤海军区第4、5、6军分区;撤消第3(清中)军分区，所辖地方武装分别划归渤海军区第4、5、6军分区;原清河军区直属团改称渤海军区直属团。清河军区番号撤销。