水麦冬科（学名：Juncaginaceae）是单子叶植物纲泽泻亚纲的一科，包含4属约25种，广泛分布于全球温带和寒带的碱滩上或淡水沼泽中。中国仅有水麦冬属（Triglochin）一属，1种—水麦冬（Triglochin palustre Linn.），分布在从西南到东北地区。水麦冬科植物有毒，全草毒性，食用可能引发呼吸麻痹，严重可致死。特别是水麦冬属有时含氢氰酸，牲畜食后可中毒。

水麦冬科总的特征为沼生一年生或多年生植物。 叶基生， 有叶鞘， 有时浮水生。 花变化大， 两性或单性并为雌雄异株或杂性 。叶线形，有鞘。花成总状花序或穗状花序，小形，辐射对称，两性或单性，无苞，花被3+3，草质，雄蕊6～4，几无花丝，花药外向，花粉粒球形，无萌发孔，有网状雕纹层，雌蕊6～4或结合，子房上位，有羽毛状柱头，每室有一基生的倒生胚珠（稀为顶生的直生胚珠）。果实圆筒形或倒卵形，蓇葖或蒴果，有时基部有明显的距，有时有3个不育，种子无胚乳，染色体基数x=8。

本科和休氏草科（Scheuchzeriaceae）、茨藻属、水蕹科、眼子菜科等均有关系。