《自然系统》（拉丁语：Systema Naturæ，或译自然大系）是瑞典植物学及动物界学家、医生卡尔？冯？林奈（Carl von Linné，1707年5月23日~1778年1月10日）的主要作品之一，这本书在植物及动物学两界引入了基于博安家的加斯帕尔和约翰而来的林奈分类法，即后来的二名法。第1版的《自然系统》在1735年出版，这本书林奈一共出了12版，其中以第10版最为重要，被认为是国际动物命名法规出现的开端。此书全称为“Systema naturæ per regna tria naturæ, secundum classes, ordines, genera, 物种, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis”，意为“基于纲目属种的、包含特征、差异、异名、地点的、含盖自然界三界的自然系统”。

卡尔？冯？林奈（Linnaeus)，全名卡尔·冯·林奈（Carl von Linné），过去译成林内，受封贵族前名为卡尔·林奈乌斯（Carl Linnaeus），由于瑞典学者阶层的姓常罗马化，又作卡罗鲁斯·林奈乌斯（Carolus Linnaeus），瑞典自然学者，现代生物学分类命名的奠基人，近现代生物分类方法的奠基人，他的最著名的著作是《自然系统》。林奈7岁入学读书，他的父亲是牧师，父亲希望他将来也成为牧师。但是他对学校规定的课程不感兴趣，只有逻辑学还学得可以。他喜欢到野外采集植物标本，阅读植物学著作，很多时间和精力都花在这上面了。读中学时，有的老师建议他父亲不要再供他读书，因为他不可能学好功课，不如送他学一门手艺，以便找份工作。只有一位老师比较欣赏卡尔？冯？林奈，主张他去学习医学，而不要学神学、做传教士。

1727年，林奈进入乌普萨拉大学读书。他对植物学的兴趣依然很浓，大学图书馆和植物园给他提供了学习和研究植物的好条件。他写的植物学论文受到了老师的赞赏。1732年，林奈应邀参加了一个探险队，到瑞典北部荒凉的拉普兰地区进行科学考察，使他获得丰富的对大自然的感性认识，并采集了很多生物标本。林奈未来的岳父要求他一定取得医生资格，否则不同意女儿和他结婚。他被迫又去荷兰一所大学学医，很快取得了医生资格。但是，他的兴趣依然主要在植物学上。他的《自然系统》就是在1735年出版的。《自然系统》一书的出版，给他带来很大声望，为他一生的成就和地位奠定了基础。在此书中，卡尔？冯？林奈首先提出了以植物的生殖器官进行分类的方法。

1738年林奈回到故乡，他回到母校乌普萨拉大学任教，著书立说，直到1778年去世。从1741年起，他担任植物学教授，潜心研究动植物分类学，在此后的20余年里，共发表了180多种科学论著，特别是1753年发表的《植物种志》一书，是他历时七年的年的心血结晶，在这部著作中共收集了5938年植物，用他新创立的“双名命名法”对植物进行统一命名。

16世纪和17世纪，随着欧洲人的海外扩张，他们认识的生物种类大大增加了。古代的植物学著作只描述了大约500种植物，而1600年时欧洲人认识的植物达到6000种左右，1700年时达到12000种左右。对生物准确命名和分类，成为当务之急。卡尔？冯？林奈的《自然系统》一书，就担当起了这个任务。此书的副标题是："即可以在大自然的三个界中，按纲、目、属、种进行系统的分类"。林奈说："分类和命名是科学的基础"，植物学研究当前最迫切的需要是"识别植物，系统地命名，包括属名和种名"。

在《自然系统》一书中，林奈把自然界分成了三大界：矿物界、植物界、动物界。对植物界，林奈主要依据雄蕊的数目和特征分为24纲，每纲再分为若干目。对动物界，林奈主要依据心脏；呼吸器官、生殖器官、皮肤及感觉器官的特征，分为哺乳纲、鸟纲、两栖动物、鱼纲、昆虫纲、植物病原线虫纲，共六大纲。

卡尔？冯？林奈《自然系统》一书给出的分类体系有几个重要特点：

(1)增设"纲"、"目"两个分类等级。亚里士多德以"种"为生物分类的最基本单位，相近的"种"划为一"属"，这已经延用约两千年。林奈又把相近的"属"归为一"目"，相近的"目"归为一"纲"，适应了生物种类大大增加的新形势。现在使用的分类体系，在林奈的基础上又增加了"门"和"科"两个新等级。

(2)采用双名制。过去生物只有俗名，各地依方言命名，很不统一，同名异物和同物异名的情况很多。为克服命名上的混乱，特给每一种生物都定出学名，它是由属名与种名两个名字组成，故称双名制。学名之后还有加上为之命名的科学家的名字，并附上这种生物的特征介绍，记录在案。这样一来，就不会有同名异物和同物异名现象了。双名制虽不是林奈最先倡导，但是，是林奈《自然系统》一书最早系统运用双名制。这种双名制一直沿用至今。

卡尔？冯？林奈《自然系统》给出的分类体系，对克服生物分类上的混乱现象有重要作用，但它仍然是一种人为分类体系，即按分类者的意愿选取少数特征做为分类依据，而没有全面考虑生物的特征及它们之间的亲缘关系。林奈主要依据雄蕊的数量和特征把植物分为24纲，结果同一纲内有些植物性质相差很远。林奈知道他的分类体系不是"自然"的，但他强调他的分类体系使用方便，切实可行。他说："人为体系只告诉我们如何辨识植物，而自然体系却还能告诉我们各种植物的性质"，这是人为体系的缺点。但他又说：按自然体系，很难形成一种公认的分类体系，人们会有不同的看法。

卡尔？冯？林奈《自然系统》一书出版后，他成为世界公认的植物分类权威。各种标本从世界各地源源不断寄到林奈手中，请他命名并定出其分类地位。很多业余的、不知名的植物学家的最大愿望，就是林奈承认他们发现了植物新种，并用他们的名字给新种命名。

《自然系统》一书的第一版于1735年出版，只有12页厚。此后林奈不断扩充其内容，到1768年出第12版时已厚达1327页，书中仅植物就收载约一万种。与植物分类相比，《自然系统》在动物分类方面的成就稍为逊色。在查尔斯·达尔文生物进化论提出以后，生物分类走上按亲缘关系进行自然分类，卡尔？冯？林奈《自然系统》一书给出的分类体系过时了。但是该书在生物分类发展史上的地位和作用不可否认，至今林奈创造的某些方法仍在应用，而林奈定出的许多种生物的学名也一直被我们采用。

1735年，林奈在寓居荷兰期间初版了第一部《自然系统》。按照当时科学文献出版惯例，这本书以拉丁文写成。在书中，林奈阐述了自己的自然界等级划分原则，即将自然界分成动物界（Regnum animale）、植物界（Regnum vegetabile）和矿物界（Regnum lapideum）。这一版的《自然系统》中列出了约一万种有机体，其中包括约六千种植物和四千二百三十六种动物。根据威廉·T·斯特恩所说：“即便在1753年他（卡尔？冯？林奈）认为全球所有植物很有可能超不过10,000种，他一生中光被子植物门就命名了7,700种。”林奈并不认为自己的植物界分类很自然，也不认为这能反映出上帝造物的神秘逻辑。他将有同样数目的雄蕊的物种分在一起，但尽管便捷，他自己却觉得太过武断。林奈相信雅威造物说，人们常说林奈曾说过“上帝创造，林奈管理”。

因为作品颇受欢迎，林奈继续创作并最终将只有12大页的第1版（1735年）扩写到了有1327页的第12版（1766–1768）。同时其理念也在不断进步，例如第1版中鲸被当做鱼，而在第10版中被移到了哺乳纲下。而在这一版中，仿照1753年出版的《植物种志》，他将使用两部分名字的方法引入了动物命名中，而这便是二名法的前身。卡尔？冯？林奈逝世后，约翰·弗里德里希·格梅林在1788年至1793年出版了再次改善的一版，并也命名为《自然系统》。国际动物命名法委员会在1954年10月26日发布的296号决议中认定这是第13版的《自然系统》。

除了将自然界系统地分为动物界、植物界和矿物界外，《自然系统》还为二名法的创立奠定了基础，而二名法现被用于学名命名。他1753年出版的《植物种志》和1758年出版的《自然系统》第10版被认为是命名法的发端。作为命名动植物的先驱，他提供的学名后来都优先采用。唯一的例外是1757年卡尔·亚历山大·克莱克出版的《瑞典蜘蛛》，该书中的命名优先于卡尔？冯？林奈的命名。他的天才吸引了许多年轻学生慕名而来，林奈将他们送往国外帮助自己收集植物，这使得他的著作比同辈人更加有影响力。