三百多年来，云林寺高僧辈出，其中颇具盛名的有善福法师，整觉法师，悟空法师，智圆法师，了道大师，正守法师等。尤为突出的是了道大师，他是净宗十三祖
印光法师的得意弟子，圆寂于1947年。他生前多次到祖国和海外各地讲经说法，其弟子不下数万人。了道大师是崇明岛、
启东市、
海门区三地净土宗的创始人，故云林寺被称为崇明岛的佛教发源地。
云林寺被毁于1958年
大跃进年代，因开河道，寺院被拆大半。文革期间寺院彻底被毁，被改成橡胶厂。
1986年
崇明区民宗办批准重建，恢复云林寺古道场。但是十几年来，寺内所有佛像还是坐落于厂房之中，也没有房与僧房。
2002年3月崇明民宗办、佛教协会委任玄能法师为监院，全寺上下团结，齐心协力，兴建古道场，在不到一年的时间里，成功举办五次法会，平时佛事接连不断，寺院蒸蒸日上。在不到一年的时间里，建造了寮房，可住香客三百余人。今年开始筹建
崇明岛一流的
大雄宝殿，接着还要建造天王殿，钟鼓楼，九龙壁等等，重现云林寺的灿烂辉煌，使祖师开创的净土法门得以发扬光大。