准格尔召庙密宗佛殿分为前后殿，密宗佛殿前殿供奉的是宗喀巴及他的两个弟子甲曹杰和克珠杰·格勒巴桑布。

密宗佛殿后殿，供奉的是大日如来佛以及八大菩萨，分别是地藏菩萨、虚空藏菩萨、观世音菩萨、弥勒佛、文殊菩萨、金刚手菩萨、普贤菩萨、除盖障菩萨。

准格尔召庙密宗佛殿前殿。供奉的是宗喀巴及他的两个弟子甲曹杰和克珠杰。宗喀巴本名罗桑扎巴，是藏传佛教格鲁派创始人，是西藏自治区佛学史上著名的宗教改革家和佛学大师。公元1357年（元至正十七年）出生于湟中区塔尔寺地区，因这一地区在吐蕃时期被称为宗喀巴，故他被尊称为宗喀巴。密宗的本尊是大日如来佛，代表法界体性智慧，他是密宗最高阶级的佛，也是释迦牟尼佛的法身佛，为了教化众生而化变为五方佛。密宗所有佛和菩萨皆自大日如来所出，在金刚界和胎藏界的两部曼荼罗中，大日如来都是居于中央位置，他统率着全部佛和菩萨，他是佛教密宗世界的根本佛。大日如来佛像小样是满世集团在恢复性建设时由负责人远赴尼泊尔请回，同比例放大加工而成。

两侧供奉的是八大菩萨。

地藏菩萨受释迦佛嘱托，在释迦入灭而弥勒佛尚未降生世间之前这段时期度化众生，他立誓一定要尽度“六道”轮回中的众生，拯救各种苦难，方愿升级成佛。唐朝来华求法的地藏比丘被认为是地藏菩萨的化身。九华山是地藏菩萨的应化道场。虚空藏菩萨专主智慧、功德和财富。因尊上智慧、功德、财富如虚空一样广阔无边，并能满足一切世间持戒如法相求的诸世人的善求善愿，使众生获得无穷尽利益。观音菩萨视为大乘佛教的根本。据说她曾立誓普度众生，方愿成佛。能现33种不同身形，拯救12种大难。是西方三圣中的一尊，也是继承接引佛位的菩萨。观世音菩萨在印度原为男像，自传入中原地区后，逐渐被汉化，大约从南北朝起，他的塑像也由男转女，成为大受我国俗众欢迎的女菩萨。普陀山海岛为观世音菩萨的应化道场。在密宗中，四臂观音与文殊菩萨、金刚手菩萨合称为密宗三主，分别代表大慈悲、大智和大力。弥勒佛出身于印度婆罗门，后得释迦牟尼佛的教化，被授记为下一任佛陀。文殊菩萨代表聪明智慧，因德才超群，居菩萨之首。为释迦牟尼佛左胁侍，文殊菩萨的塑像常是顶结五髻，手持宝剑，表示智慧锐利，最大的特点是骑着一头青狮，表示智慧威猛，应化道场是山西五台山。藏传佛教格鲁派认为宗喀巴是文殊菩萨化身。金刚手菩萨因手执金刚杵，常侍卫于佛，故称之为金刚手菩萨，具有除恶降魔的广大神力。在西藏自治区地区，也是相当重要的雨神。普贤菩萨象征着理德、行德，与象征着智德、正德的文殊菩萨相对应，为释迦牟尼佛的右胁侍。

密宗佛殿前殿。供奉的是宗喀巴及他的两个弟子甲曹杰和克珠杰·格勒巴桑布。宗喀巴本名罗桑扎巴，是藏传佛教格鲁派创始人，是西藏佛学史上著名的宗教改革家和佛学大师。

密宗佛殿后殿。正中间供奉的是高7米的大日如来佛仿金铜塑像，两侧供奉的是八大菩萨。大日如来佛像呈跌坐，菩萨像，头呈发髻，身着轻衣，手结法界定印，通身金色，非常庄严。密宗的本尊是大日如来佛，代表法界体性智慧，他是密宗最高阶级的佛，也是释迦牟尼佛的法身佛，为了教化众生而化变为五方佛。

释迦牟尼佛、文殊菩萨、普贤菩萨被尊称为“华严三圣”。他的应化道场为峨眉山，坐骑六牙白象。除盖障菩萨以消除一切盖障而著称，能使人重现人性光明，坐禅入定。盖障即形形色色的烦恼，主要是贪欲、嗔、睡眠、掉悔（躁动不安）、怀疑五种障碍。

公元1357年（元至正十七年）出生于湟中区塔尔寺地区，因这一地区在吐蕃时期被称为宗喀巴，故他被尊称为宗喀巴。宗喀巴大师7岁出家，学佛9年，16岁赴藏深造，对五论、五明、显密教造诣很深。当时，藏地僧侣占有大量财富、戒律废弛、生活奢靡，为重振佛法，宗喀巴整顿纪律，进行宗教改革，创立了格鲁派，“格鲁”意为善规。在此之前，藏地僧侣们都戴红色僧帽，公元1388年（明洪武二十一年），他和弟子们改戴黄色僧帽，以示不同，于是格鲁派又称为黄帽派，并且开创了格鲁派祖寺甘丹寺。大师一生著作颇丰，其中以《密宗道次第广论》最为著名。1419年圆寂，享年63岁。藏历10月25日是燃灯日，纪念宗喀巴弘法护教的巨大贡献。世人将宗喀巴与甲曹杰、克珠杰·格勒巴桑布称为“师徒三尊”。甲曹杰（达玛仁钦，1361—1432），第二任甘丹寺法台、宗喀巴第一大弟子。宗喀巴圆寂后，他继承了宗喀巴的法位。克珠杰（格勒白桑，1385—1438），被追认为第一世班禅。