1858年（安政五年），师爷大老井伊直弼（1815~1860）在未取得孝明天皇同意的情况下，自作主张与美国签订了《日美修好通商条约》，这一决定惹怒了天皇和一些强藩，导致朝廷和幕府的对立。随后，幕藩对立两派都派人到朝廷争取支持。各藩武士、浪人也聚集京都，要求朝廷抑制幕府的独断专行。井伊直弼残酷地镇压了反对派，桥本左内、吉田松阴等数名藩士被处死，涉案大名被抓，皇室公卿、家臣、武士、儒者、落士等近百人被流放或判刑史称“安政大狱”。

安政大狱之后，与江户幕府对抗的公卿、大名、藩士等几乎被一网打尽，余党一时间销声匿迹。

江户时代后期的日本，外国船相继东来访问。中原地区在第一次鸦片战争中的惨败，令日本对外危机意识高涨，幕阁就海防问题进行议论。老中阿部正弘领导师爷进行幕政改革，在1854年幕府与美国签订《日美通商亲善条约》，又与俄罗斯签订《日俄亲善条约》，之后又和英国、法国和荷兰签订类似条约，即《安政五国条约》。

1853年，第12代将军德川家庆逝世，于是第13代将军德川家定就任征夷大将军一职。不过，因为家定身体虚弱的缘故，下任将军的继嗣人选成为主要问题。支持前水户藩主德川齐昭的儿子德川庆喜(德川庆喜)，还有期盼跟诸藩建立协调体制的一桥派，和重视支系而推举纪伊国藩主德川家茂并且政治路线保守的南纪派，两派之间发生激烈的冲突与对立。

后来，日本受到美国总领事哈里·B·哈里斯的压力，被迫在通商条约上签字。老中堀田正睦借朝廷的权威打算解决两派的争执，不过，梅田云浜等人在京都进行尊王攘夷派的工作，而且得到孝明天皇的敕许。

1858年（安政5年）大老井伊直弼对尊王攘夷运动进行了一次大镇压。由于在《日美友好通商条约》签字问题和将军继嗣问题上，一桥派、尊攘派掀起的反对运动日益激化，大老井伊直弼接连采取镇压措施。

1858年4月，南纪派的井伊就任大老，井伊断然确定条约的缔结和德川家茂的将军继承权。水户前藩主德川齐昭(齐昭已经退位，但是藩政实质上被他所控制)，水户藩主德川庆笃(齐昭之子，不过实权被父亲掌握)，尾张藩主德川庆胜，福井藩主松平庆永等批评井伊的政策。为此，井伊对他们做出了隐退、禁闭等处分。

1859年8月，计划对朝廷采取行动的水户藩，他们议定的《戊午的密敕》被搜出，大约同一时间，师爷方面的调谐者的关白九条尚忠被撤职。而且因为这个缘故，9月，老中间部联络所司代酒井忠义，以逮捕梅田云浜作为镇压行动的前端而开始了。

在平安京被捕获的志士们被送去江户城。也有在江户被捉住，甚至从藩地被捕的也有。他们在江户传马町的监狱接受了审判之后，分别以剖腹自杀或死刑等严酷的刑罚处死。幕阁川路氏和岩濑忠震等幕臣也被处罚。这时，关于这次政治逼害的幕后黑手被认为是大老井伊本人。

包括一桥派的德川齐昭、德川庆喜、松平庆永、德川庆胜等人在内，受株连的有公卿、大名、幕吏、志士达一百多人，吉田松阴、桥本左内、越三树三郎等八人被处死刑。这次大狱引起人们的反感，终于在1860年3月3日（万延元年）发生了樱田门事变。

随著井伊在樱田门外被暗杀，这次政治迫害也结束了。幕阁中一桥派的势力复活，文久的改革被进行，将军德川家茂和和宫的婚礼向公武合体路线发展。因为安政大狱导致师爷的政治道德降低和人材的缺乏，由于反幕派的尊攘活动也激进，因此成为幕府灭亡的直接原因。