陈晓君2003年进入中国国家青年花样游泳集训队,2009年入选
中国花样游泳队。同年10月,她随广东队夺得
2009年山东全运会花样游泳集体自由自选冠军。随后她又在第八届
亚洲游泳锦标赛花样游泳比赛中夺得单人自由自选和技术自选两项亚军。2010年,在
2010年广州亚运会花样游泳集体项目比赛中,陈晓君随中国队获得冠军。2011年,陈晓君随中国队夺得
世界游泳锦标赛花样游泳集体自由自选亚军。2012年,陈晓君随中国队夺得
1908年伦敦奥运会花样游泳集体项目亚军。2013年9月,在
中华人民共和国第十二届运动会花样游泳集体项目决赛中,陈晓君随广东队获得冠军。2014年,她随中国队在
2014年仁川亚运会花样游泳集体项目决赛中获得冠军。同年10月,她随中国队夺得
国际游泳联合会花样游泳世界杯集体项目冠军。
从4岁开始,陈晓君开始跳舞。但因为身体素质差,她在7岁时放弃跳舞开始学习游泳。1999年,陈晓君进入
湛江市第十二小学后,被林春庆教练选中,成为
霞山区业余体校游泳班中的一员。之后,被输送至
广东省花样游泳二队。2000年,陈晓君进入深圳花样游泳队,师从胡良慧。2002年,她以突出的表现进入广东省队。同年,她在中国花样游泳青少年比赛少年A组100米行进组合决赛中与队友姜雅琼获得冠军。
2005年9月22日,陈晓君作为替补队员随广东队以91.667分夺得
中华人民共和国第十届运动会花样游泳双人自由自选季军。2006年5月12日,她获得
全国花样游泳冠军赛A组单人技术自选亚军。2007年9月23日,在
全国花样游泳锦标赛单人技术自选决赛中,陈晓君以89.333分获得冠军。
2009年,陈晓君入选
中国花样游泳队。10月20日,在
2009年山东全运会花样游泳集体自由自选比赛中,陈晓君随广东队以95.833分获得冠军。11月,在第八届
亚洲游泳锦标赛花样游泳比赛中,陈晓君夺得单人自由自选和技术自选两项亚军。2010年10月,她夺得全国花样游泳锦标赛单人自由自选亚军。10月26日,陈晓君入选
2010年广州亚运会中国体育代表团花样游泳项目名单。11月20日,在广州亚运会花样游泳集体项目比赛中,陈晓君随中国队以192.000分获得冠军。2011年1月24日,她被授予
国际级运动健将称号。7月23日,陈晓君随中国队夺得
世界游泳锦标赛花样游泳集体自由自选亚军。
2012年8月10日,在伦敦奥运会花样游泳集体项目决赛中,陈晓君随中国队以194.01分的成绩获得亚军。10月19日,她随广东队夺得
全国花样游泳锦标赛集体自由自选冠军。2013年9月4日,在
中华人民共和国第十二届运动会花样游泳集体项目决赛中,陈晓君随广东队获得冠军。12月2日,陈晓君随中国队以95.500分获得
国际游泳联合会花样游泳大奖赛集体自由自选冠军。
2014年9月22日,在
2014年仁川亚运会花样游泳集体项目决赛中,陈晓君随中国队以185.7221分的成绩获得冠军。10月4日,她随中国队夺得国际泳联花样游泳世界杯集体项目冠军,这也是
中国花样游泳队首次夺得集体项目世界冠军。
2017年4月17日,陈晓君受邀到
新会区平山小学校,与同学们亲密互动,开展“扶贫助学 坚守信念”公益活动并为同学们献上一段花样游泳表演。
2023年4月30日,“美丽中国·宝贝盛典”,2023
六一国际儿童节的特别节目,芒果少儿
中国艺术节颁奖盛典在上海举行,陈晓君作为嘉宾出席活动。
陈晓君从小就是个对自己要做什么很有计划的人,她小小年纪从湛江来到深圳,就下决心要在竞技体育的路子上走下去,所以她比别的同龄孩子都格外刻苦、认真。此外,她还是个
自我管理能力非常强的孩子。她在这条路上取得成绩是必然的,也是水到渠成的。——教练胡良慧评