宁王宸反，
进贤县是叛军东进必经之地，源清做好战与守的准备，在旗上大书“誓死报国”四个大字，并在自己眷属住室周围堆满柴草，嘱家人危险时点火，宁死不受贼人侮辱。宸濠妻弟娄伯与阉官乐率兵要穿越进贤县，源清招募二百名死士，从叛军后面杀出。斩杀娄伯、乐囿等人。叛军送书求源清让路，源清杀使者。因此，濠兵不得越进贤县一步，遏止了他们向东进兵的企图。后
王守仁起兵与源清合击，消灭了叛军。源清拜
监察御史，后改任大理寺丞，又提升为
佥都御史、副都御史、
兵部侍郎。大同军叛，源清奉命讨伐，督总兵郤永攻城，郎中
詹荣负责分化瓦解，斩叛军首要分子，迫使叛军投降。侍郎黄散布流言蜚语，伤害源清，源清被捕入狱。一年后释放回家，兵卒。
隆庆元年，谏官奏本，平反昭雪，赠
兵部尚书。
源清昭雪后，
李恒朱载下谕致祭，充分肯定源清的报国忠心、显赫战功；对其蒙冤受害，则认为“无损勋名之重”；对其病逝，深感痛惜，“胡为婴疾，尔长终。”皇帝“爱念往劳，特加恤典”，依礼厚葬之。