项目于2012年9月26日开工建设，工程总建筑面积8000平方米，建筑主体高度21米，3台面9线，设基本站台1座，中间站台1座，站房整体按照候车、售票、行包和生产办公四大功能进行分区，设有行包房、出站厅、候车厅、售票厅、设备用房、车站办公用房等。
防城港市北客运站站房工程为线侧平式
地面站，整个站房工程呈对称式布置，站房主体一层，局部二层。其建筑形象构思来自于蓝天碧海，以优美舒畅的流畅曲线，打造滨海城市特有的建筑面貌
防城港北火车站是钦防线上第一个建成的高铁车站，防城港北火车站工程总建筑面积7985平方米，建筑主体高度21米，按照2000人的人流量设计，站房整体按照候车、售票、行包和生产办公4大功能进行分区。坐落于
北部湾畔的
广西壮族自治区第一个高铁车站，以淡蓝色为主色调，车站呈对称式布置，中间圆弧形突起的主体仿佛
普通海鸥的身体，两边优美舒展开的站房则如海鸥的两个巨大翅膀。建筑形象构思来自于“蓝天碧海、海鸥竞飞”，以流畅曲线打造滨海城市特有的建筑面貌，契合
防城港市“滨海新城、边陲明珠”的城市形象。
2013年12月30日
南宁市—防城港动车首发，南宁-防城港北动车组列车1对，经由北、钦防线，车次D8251/2。
从2014年2月25日开始，防城港、南宁、
桂林市之间的动车有了新调整，南宁－防城港北D8251/2次调整为桂林－防城港北间开行，南宁铁路部门工作人员告诉记者，调整之后，铁路部门将防城港北、南宁、桂林涉及车次的动车“串”起来开行，乘客可以在防城港北乘动车直达桂林。
2013年
春节7天长假
防城港市北火车站高铁动车共发送旅客4037人次，到达旅客5023人次，与2012年原
防城港站相比，同比增长近2000人次。
2014年为期40天的春运是防城港北火车站正式投入使用后迎来的首个春运，也是防城港开通动车后的首个春运，该站发送旅客主要以探亲流、旅游流为主，还有少部分的务工流，整个春运累计发送旅客19596人次，日均发送旅客达到490人次，与2012年原防城港站相比，同比增长7000多人次。
2014年6月1日，北海至
防城港市北的特快旅客列车正式开通运营，全程票价为21.5元。运行时间：特快列车全程运行时间为1小时25分钟；从防城港到
钦州市，运行时间为24分钟。据了解，北海至防城港北间特快旅客列车每天将开行两对(4趟)，即T8712/3、T8714/1、T8716/7、T8718/5次，为编挂9节
中国铁路25T型客车型新空调客车，可容纳1050人，客车车体构造时速为160km，经由邕北、钦北联络线及钦防线运行。列车运营区间时刻表为：北海-
防城港市北T8712/3次，北海8：20开，钦州东9：06/08，钦州9：19/21，防城港北9：45到；防城港北-北海T8714/1次，防城港北11：25开，
钦州市11：49/51，钦州东12：02/04，北海12：50到；北海-防城港北T8716/7次，北海15：20开，钦州东16：06/08，钦州16：19/21，防城港北16：45到；防城港北-北海T8718/5次，防城港北17：50开，钦州18：14/16，钦州东18：27/29，北海19：15到。
2014年7月1日，广西铁路大调图，撤销原D8251/2次，开行桂林－
防城港市北D8293/2次、D8295/4次，南宁－防城港北D8291/6次，防城港北站的列车升至5对。
6条公交线路直达高铁防城港北站。这6条公交线路分别是：205路、4路、7路、9路、10路、105路。具体为：9路，市一运中心至企沙新菜市场（新路）；10路，
防城区二运站至企沙新菜市场（旧路）；205路，防城港北站（
铁路车站）至防城区法院专线；105路，防城港北站（高铁站）至港口外贸七区；4路，防城区三运站至
王府街道；7路，防城二运站（旧址）至红沙安置点。