《馆藏民国台湾档案汇编》是由海峡两岸出版交流中心编写，2006年由九州出版社出版的图书。该书篇幅丰富，包含了1912年至1945年9月的台湾省相关档案，内容涵盖了台湾同胞归国求学、工作、参加抗日活动及国民政府筹备收回台湾等方面的详细记录，也包含了争议颇多的二·二八事件。

這套史料由海峽兩岸出版交流中心與中國第一、二歷史檔案館共同編，中國第二歷史檔案館是集中保管中華民國時期，1912到1949年間，歷中央政權機關及其直屬機構檔案的國家級檔案館。館藏檔案卷浩繁，光到2003年，共收藏有18多萬卷，其中涉台檔案內容豐富。

由於「館藏民國台灣檔案匯編」篇幅多達300，內容鉅細靡遺，包括1912年到1945年9月，台灣同胞歸國求學、工作、參加抗日活動及國民政府籌備收回台灣的相關檔案，也包含議多時的二·二八事件。

另一部份則是1945年10月後到1949年，台灣省行政長官公署、台灣省政府所屬各機構與國民黨中央政府的來往都有存檔，包括公務文書、照片、圖片等。