明末起义军将领，泾阳县人，是抚南王刘文秀的部将，以骁勇著称。

1652年（永历六年）抚南王刘文秀统领明军四五万人分三路入川，由建昌、叙永县、彭水苗族土家族自治县展开全面反攻。祁三升作为部将也参与其中，后来不久因为失利明军撤出四川省，第二次进军四川时祁三升负责留守四川总理军务，孙可望内犯时，双方都想拉拢这支部队，祁三升对部将说：“国主、西府，旧主义均。今西府尊永历为民主，名正言顺，我等亦有所依，当遵西府之调为正。”诸将都表示赞同，于是祁三升拒绝接受孙可望使者传达的命令，率部向云南省进发。可望大怒，派兵追击，三升且战且走，重丢失尽，终于在1656年十月到达昆明市。永历深表嘉许，封为咸宁伯。平叛之后再由咸宁伯受封为咸宁侯。

贵州之战中祁三升驻扎在鸡公背，同冯双礼互相呼应，但是驻扎在这险要之地数万军队的粮草很难供应，清军进攻时，明军弃险不守自动撤退，祁三升，冯双礼见军心不稳，也只好随军撤退。

回到昆明之后因为匆忙又撤退到了云南边境，处境十分变的十分不利，不久后降清。

祁三升降清任吴三桂后营总兵，“其兵为云南省诸营最”，连康熙帝也“颇闻三升勇”，让册封使者同他会见，以便回京讲叙其人。