云南出入境检验检疫局是1999年8月成立的行政机关。按照《深化党和国家机构改革方案》关于“将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”的部署和海关总署的相关工作要求，云南出入境检验检疫局职责和队伍整体转隶昆明海关。

中华人民共和国云南出入境检验检疫局成立于1999年8月，曾是国家质量监督检验检疫总局设在云南省并实施垂直管理的直属机构。主要职能是：根据《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国产品质量认证管理条例》等有关法律法规的规定，对云南出入境人员、动植物及其产品、进出口商品、交通运输工具等实施检验检疫和监督管理，对重要进出口商品生产企业实施监督管理，对认证认可机构、行为和结果实施监督管理。以确保云南省进出口商品质量安全、保护云南生态环境和出入境人员健康。

云南出入境检验检疫局局本部设在昆明市。局机关内设17个职能处室，下辖昆明车站办事处、昆明出口加工区办事处、香格里拉市办事处和检验检疫技术中心、云南国际旅行卫生保健中心、机关服务中心及中国检验认证集团云南有限公司。在全省各边境口岸及主要进出口货物集散地设有昆明机场、文山壮族苗族自治州、红河哈尼族彝族自治州、河口瑶族自治县、普洱市、江城哈尼族彝族自治县、西双版纳傣族自治州、勐腊县、临沧市、腾冲市、德宏傣族景颇族自治州、瑞丽市、大理白族自治州、丽江市、怒江出入境检验检疫局等15个分支局及其所属的27个办事处，形成了以昆明为中心，辐射管理沿边各主要口岸、通道的出入境检验检疫工作网络。