原肠（archenteron）是在囊胚时期通过原肠形成过程完成的，它最终会形成动物的消化道。在多细胞动物的发育过程中，原肠是由原肠胚内层形成的腹壁，其内腔称为原肠腔（gastrocoel），有时也直接将原肠腔称为原肠。

原肠的形成是一个关键的发育过程，其中一些细胞向囊胚腔内折叠形成内凹。这些细胞重新排列，使得宽而浅的凹陷变成细而深的凹陷，最终在内胚层细胞的引导下，形成细长的管状结构，即原肠。原肠的形成是通过细胞的汇聚和延伸完成的。

在原肠形成期，原肠连接外层的部位，即原肠腔向外的开口，相当于原口。随着原肠的形成，一般囊胚腔缩小或消失。不同的动物，其形成原肠的胚层或仅形成肠管，或者除内胚层外也包括中胚层，以后除肠管外尚产生脊索、体节等。在某些动物中，原肠为前后延伸的简单圆筒（如海胆），而在有些动物中，原肠显著地表现出背腹的差异（如脊椎动物）。

原肠的形成涉及丝状伪足，这是由间质细胞构成的细长纤维，它们帮助原肠顺利地被拉过囊胚腔，到达另一端。在这个过程中，内胚层的原肠细胞会与外胚层的原肠细胞融合，至此原肠形成已经完成，具有消化管的功能。原肠末端的开口称为胚孔。

在两栖纲与鱼类中，原肠形成过程中遗留下来的痕迹称为胚孔痕，而在鸟类与哺乳纲中，遗留的痕迹则称为原痕或原线。这些痕迹均由背胚孔与原结（又称恒生结）所控制。

在节肢动物门、脊椎动物中的羊膜动物，不产生所谓原肠的构造，这表明原肠的形成和发展在不同动物群中具有多样性。