书院祭祀是中国古代书院的一种传统教育方式，旨在通过祭祀先师先贤来传承学术思想和文化精神。这种祭祀活动自西周时期便已存在，《周礼·春官宗伯》中就有相关记载。随着历史的发展，书院祭祀的对象逐渐扩大，不仅包括孔子这样的先圣，还包括各书院所推崇的学术大师以及对书院建设有重要贡献的人物。

明代书院的祭祀活动因不同学派而异。属于姚江学派的书院通常祭祀王守仁，而甘泉学派则祭祀陈献章和湛若水。陈献章的学生湛若水在其一生中，无论走到哪里都会建立书院来祭祀他的老师陈献章。

到了清代，阮元创立了专门研究汉学的诂经精舍和学海堂，这些书院祭祀的是对中国古典文献研究做出贡献的学者如郑玄和许慎。

除了学术大师，书院还会祭祀那些对书院建设和发展有突出贡献的人士。例如，湖南大学岳麓书院设立了“六君子祠”来纪念对书院创建和发展有着特殊贡献的地方官员和学者。此外，书院也会祭祀当地的乡贤、名宦和著名学者，如东林书院祭祀的“七先生”中有六位都是无锡地区的知名儒士。岳麓书院还设有“船山祠”，供奉着湖南省学者王夫之。

书院祭祀不仅是对先师先贤的敬仰，也是对学生进行伦理道德、行为方式及治学态度等方面教育的重要手段。明中叶以后，书院逐渐成为科举考试的附属机构，因此也出现了祭祀神灵以祈求科举成功的现象，如文昌阁和魁星楼的建造。