回国后，1958年9月，被任命为工程兵建筑103团副参谋长，到甘肃省酒泉7169部队，参加了我国第一个导弹试验基地的建设。 “文革”中，工程兵第二学校停办，高文魁于1969年9月，被任命为工程兵技术总队司令部副参谋长，负责作战训练工作。 1984年11月26日，出席了第二炮兵离退休干部工作经验交流会，受到通报表扬。

　　高文魁由此被授予全国战斗英雄的光荣称号，1950年9月25日，在北京参加了全国首届英模代表大会，被授予“全国战斗英雄”称号和纪念奖章，受到毛泽东主席和其他中央领导同志的接见，还和朱德总司令等中央首长一起合影留念，出席了周恩来总理代表政务院举行的盛大宴会，并参加了1950年中华人民共和国国庆节观礼。1955年8月至1958年7月被组织选派到苏联莫斯科古匹雪夫军事工程学院学习，期间，还受到毛泽东主席接见。回国后，1958年9月，被任命为工程兵建筑103团副参谋长，到甘肃省酒泉7169部队，参加了我国第一个导弹试验基地的建设。1962年9月，任命为工程兵第二技术学校训练部筑城教研室主任和军事教研室主任。“文革”中，工程兵第二学校停办，高文魁于1969年9月，被任命为工程兵技术总队司令部副参谋长，负责作战训练工作。在那是一个动荡不安的年代，高文魁牵头为部队编写了11本专业技术教材，受到兵种机关颁发的学术奖。

　　高文魁进入60岁时，己是“文革”后期，他所在的部队列入第二炮兵序列。这是一支“千人一杆枪，万人一门炮”的中国人民解放军火箭军，历史注定了他与“炮”有着难以割舍的情缘。解放战争他创造的飞雷炮成就了他的英雄伟业，进入二炮部队， 1978年10月，他被组织调任武汉二炮学院（后改为：中国人民解放军火箭军指挥学院）任工程系副主任、党委副书记，高文魁所在的工程系为二炮部队培训了团、营、连、排在职干部和土建、风、水电技术干部，由他们组成了为导弹“筑巢搭窝”的宏伟方阵。1984年11月26日，出席了第二炮兵离退休干部工作经验交流会，受到通报表扬。1988年，荣获中国人民解放军独立功勋荣誉章一枚。