垣恭祖，字山宝，略阳郡桓道（今南郑区）人。刘宋将领，冠军将军垣护之次子。

勇果有父风，迁屯骑校尉，号宁朔将军。从沈攸之讨平刘子勋之乱，迁左卫将军，除梁、南秦二州刺史。随沈之北讨，为魏军所虏，之后归国。孝建二年，州刺史徐遗宝跟随刘义宣反叛，听从父命把守历城，不知所终。

垣恭祖，略阳桓道（今陕西南郑）人，南朝宋将领垣护之次子，勇果有父风。

刘彧泰始二年（466年），萧子懋刘子勋号，宋明帝遣沈攸之率郭季之及辅国将军步兵校尉杜幼文、宁朔将军屯骑校尉垣恭祖、段佛荣等三万人，诘旦进战，奋击，大破之，斩获数千，追奔至姥山而反。酬功，授垣恭祖为左军将军，梁、南秦二州刺史。泰始三年（467年）春正月，张永足指亦堕，与沈攸之仅以身免，垣恭祖等为魏军所虏。

刘骏孝建元年（454年），南郡王刘义宣反。兖州刺史徐遗宝，垣护之妻弟也。远相连结，与垣护之书，劝使同逆，垣护之驰使以闻。徐遗宝时戍湖陆，垣护之留子垣恭祖把守历城区，自率步骑袭徐遗宝。

曾祖父：垣敞，慕容超京兆太守。

祖父：垣苗，刘义隆屯骑校尉。

父亲：垣护之，字彦宗，宁朔将军、徐州市刺史，封益阳县侯，追赠冠军将军、豫州刺史。

大哥：垣承祖