中国医学科学奖是中国医学科学界的最高奖项。该项由中国医学科学院、中国协和医科大学于1994年设立，面向全国医学科技人员，每两年评选一次，以奖励在推动中国医学科学技术发展与进步方面作出重要贡献的科学家。
第一届（1994年）：获奖者：
梁晓天 中国科学院院士、
中国医学科学院药物研究所研究员 第二届（1996年）：获奖者：
侯云德 中国预防医学科学院病毒学研究所研究员
汤钊猷 中国工程院院士、上海医科大学教授 第三届（1998年12月）：获奖者：
吴英恺 中国科学院院士、著名胸心外科专家、教授 第四届（2000年12月）：获奖者：
裘法祖 华中科技大学同济大学医学院名誉院长、中国科学院院士